停工留薪期一般由劳动能力鉴定委员会确定，但具体确定流程和参与方可能因地区和实际情况有所不同，以下是详细说明：

1. 劳动能力鉴定委员会的确定
   根据《工伤保险条例》第三十三条，停工留薪期通常由设区的市级劳动能力鉴定委员会根据工伤职工的伤情、治疗情况等综合评估后确定。这是最权威的确定方式，其结论具有法律效力。例如，若职工因工伤导致骨折，劳动能力鉴定委员会会根据医疗机构的诊断证明、康复周期等，明确停工留薪期的具体时长（如3个月、6个月等）。

2. 用人单位与职工的协商
   在劳动能力鉴定委员会未出具结论前，用人单位与职工可协商确定停工留薪期。但需注意，协商结果不得超过法定标准（通常不超过12个月，特殊情况可延长至24个月）。若双方协商一致，可签订书面协议明确期限；若协商不成，则需申请劳动能力鉴定委员会介入。

3. 医疗机构的建议
   医疗机构出具的疾病诊断证明书是确定停工留薪期的重要依据。医生会根据伤情、治疗方式等提出建议期限（如“建议休息3个月”），但该建议仅供劳动能力鉴定委员会或用人单位参考，不具有直接决定权。例如，若医生建议休息2个月，但劳动能力鉴定委员会评估后认为需延长至4个月，则以鉴定结论为准。

特殊情况说明：

• 若工伤职工对劳动能力鉴定委员会的结论不服，可在收到结论之日起15日内申请再次鉴定，最终结论以省级劳动能力鉴定委员会的复核结果为准。
  
• 停工留薪期届满后，若职工仍需治疗，需重新申请延长，由劳动能力鉴定委员会再次评估。

建议：
若您或您所在单位涉及停工留薪期争议，建议优先通过劳动能力鉴定委员会确定期限；若已协商但未达成一致，可收集医疗证明、工伤认定书等材料，向当地劳动保障部门申请调解或仲裁。如有具体案例或细节需要分析，可直接向我咨询。