结论：员工每周上班超过40小时是否合法，需结合具体情况判断。在标准工时制下，通常认为超过40小时即可能违法，但如符合加班规定或经审批实行特殊工时制度，则可能合法。以下是对这一问题的详细分析：

一、标准工时制下的工作时间规定

根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。但在实践中，多以每周不超过40小时作为标准工时。若用人单位在标准工时制下安排劳动者每周工作时间超过40小时，且未依法安排补休或支付加班费，则属于违法行为。

二、加班及补偿规定

如果用人单位因生产经营需要安排劳动者超出每周40小时工作，即属于加班情形。加班需遵循以下规定：

1. 加班时长限制：

   • 一般每日不得超过一小时；
   • 特殊原因下，在保障劳动者身体健康的条件下，延长工作时间每日不得超过三小时，且每月不得超过三十六小时。

2. 加班费支付：

   • 延长工作时间的，支付不低于工资的150%的工资报酬；
   • 休息日安排工作又不能安排补休的，支付不低于工资的200%的工资报酬；
   • 法定休假日安排工作的，支付不低于工资的300%的工资报酬。

三、特殊工时制度

有些企业因工作性质和生产特点不能实行标准工时制度，可申请实行不定时工作制或综合计算工时工作制，但需经过劳动行政部门审批。

1. 不定时工作制：

   • 适用于高级管理人员、外勤人员、推销人员等因工作无法按标准工作时间衡量的职工。
   • 在此制度下，不存在固定的每周40小时工作时间限制，但仍需确保劳动者的休息休假权利。

2. 综合计算工时工作制：

   • 以周、月、季、年等为周期，综合计算工作时间。
   • 其平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同。
   • 在综合计算周期内，某一具体日（或周）的实际工作时间可以超过8小时（或40小时），但总实际工作时间不应超过总法定标准工作时间。超过部分应视为延长工作时间并按规定支付报酬。

四、劳动者权益保护

若用人单位未遵守上述规定，强制要求劳动者每周工作超过40小时而未依法支付加班工资或安排补休，则构成了对《劳动法》的违反。劳动者有权要求用人单位支付加班工资、调整工作时间等，并可向劳动监察部门投诉或通过劳动仲裁等方式维护自身合法权益。

五、实际建议

1. 了解自身权益：劳动者应了解自己的工作时间权益，包括标准工时制、加班规定及特殊工时制度等。
2. 保留证据：如遇到用人单位强制超时加班且未支付加班费的情况，劳动者应保留相关证据，如工作记录、加班通知等。
3. 积极维权：劳动者有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。

综上所述，员工每周上班超过40小时是否合法，需结合工时制度、加班规定及特殊情况等因素进行判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。