结论：有医生证明但单位不批病假是否合法，需根据具体情况判断。一般来说，如果医生证明符合法定要求且员工履行了请假手续，单位不批病假可能不合法。
分析说明：
医生证明的有效性：
- 医生证明是员工申请病假的重要依据。根据相关法律法规，员工因患病或非因工负伤需要停止工作医疗时，应提供医疗机构出具的证明。
- 如果医生证明真实有效，且明确注明了员工的病情、需要休息的时间等关键信息，那么这份证明就具有法律效力。
单位不批病假的合法性：
- 合法情形：如果员工提供的医生证明不符合法定要求（如证明不真实、未注明病情或休息时间等），或者员工未按照单位规定的请假流程进行申请，单位有权不批准病假。
- 不合法情形：如果员工提供的医生证明真实有效，且已按照单位规定的请假流程进行了申请，但单位无正当理由拒绝批准病假，那么单位的行为可能构成违法。在这种情况下，员工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
特殊情况考虑：
- 如果员工病情严重，确实需要立即停止工作进行医疗，但因特殊原因（如紧急情况、无法及时联系到单位等）未能及时提供医生证明或履行请假手续，单位在了解情况后应给予理解和支持，并尽快处理病假申请。
- 另外，如果单位有明确的规章制度规定病假申请的具体流程和要求，员工应遵守这些规定。但如果这些规定本身违反了法律法规或公序良俗，那么这些规定可能无效。
法律建议：
- 员工方面：在申请病假时，应确保提供的医生证明真实有效，并按照单位规定的请假流程进行申请。如果单位不批准病假，可以与单位进行沟通协商，了解拒绝批准的原因，并根据情况采取相应的法律措施。
- 单位方面：在处理员工的病假申请时，应严格按照法律法规和单位规章制度进行操作。如果员工提供的医生证明符合法定要求且已履行请假手续，单位应给予批准。如果拒绝批准，应说明合理理由，并避免因此引发劳动纠纷。
后续行动：
- 如果您作为员工遇到了单位不批病假的情况，且认为自己的权益受到了侵害，可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
- 在处理此类纠纷时，建议您保留好相关的证据材料（如医生证明、请假申请记录、与单位的沟通记录等），以便在需要时提供证明。
如有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。