助理证注册医院后辞职，一般不会有直接影响，但具体还需考虑实际情况和相关规定。
首先，助理证通常与个人的职业资格和执业能力相关，注册在医院表示你具备在该医院从事相关助理工作的资格。辞职是你与医院之间劳动关系的解除，它主要影响的是你的工作状态和与医院的劳动关系，而并不直接决定你的职业资格或助理证的有效性。
然而，有几点需要注意：
合同约束：如果你与医院签订的劳动合同或相关协议中，有关于辞职后助理证使用或注销的特别约定，那么你需要遵守这些约定。否则，可能会构成违约，需要承担相应的法律责任。
行业规定：某些行业或地区可能有特别的规定，要求从业人员在离职后需要办理某些手续，如注销、变更注册等。你需要了解并遵守这些规定，以免影响你的职业资格和未来的执业。
助理证的有效期与续期：助理证通常有一定的有效期，到期后需要续期。如果你在辞职后没有及时办理续期手续，可能会导致助理证失效。因此，你需要关注助理证的有效期，并在到期前及时办理续期手续。
综上所述，助理证注册医院后辞职一般不会有直接影响，但你需要关注合同约束、行业规定以及助理证的有效期与续期等问题。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。