结论：公司加班工资按照最低基本工资计算，一般是不合法的。具体是否合法，需结合劳动合同、公司规章制度以及地方性法规综合判断。
分析说明：
法律规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定，有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：
- 安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；
- 休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；
- 法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
- 这里的“工资”通常指的是劳动者在正常工作时间内所获得的报酬，包括基本工资、奖金、津贴等，而不仅仅是基本工资。因此，加班工资的计算基数应当是劳动者在正常工作时间内所获得的全部报酬，而非仅仅是最低基本工资。
实际操作中的变通：
- 尽管法律有明确规定，但在实际操作中，有些公司可能会通过劳动合同或公司规章制度来规定加班工资的计算基数。然而，这种规定必须合法、合理，且不得违反法律的强制性规定。
- 如果劳动合同或公司规章制度中明确规定了加班工资的计算基数为最低基本工资，且这一规定不违反法律的强制性规定（如地方性法规有特别规定），那么这种规定可能是有效的。但这种情况较为少见，且需要具体分析地方性法规的规定。
地方性法规的考虑：
- 不同地区可能对于加班工资的计算基数有特别规定。例如，有些地方可能明确规定加班工资的计算基数应当包括基本工资、奖金、津贴等全部报酬。
- 因此，在判断公司加班工资按照最低基本工资计算是否合法时，还需要考虑当地的地方性法规。
建议与行动：
- 核实劳动合同和公司规章制度：首先，劳动者应当核实自己的劳动合同和公司规章制度中关于加班工资计算基数的规定。
- 咨询当地劳动部门：如果对于加班工资的计算基数存在疑问，劳动者可以咨询当地的劳动部门或劳动监察机构，了解当地的具体规定和执法实践。
- 维护自身权益：如果公司确实存在按照最低基本工资计算加班工资的情况，且这一做法违反了法律或地方性法规的规定，劳动者可以通过法律途径维护自己的权益，如向劳动仲裁机构申请仲裁或向法院提起诉讼。
举例说明：
假设某劳动者的月工资由基本工资2000元、奖金1000元和津贴500元组成，总计3500元。如果公司按照最低基本工资2000元作为加班工资的计算基数，那么这一做法很可能是不合法的。因为根据法律规定，加班工资的计算基数应当是劳动者在正常工作时间内所获得的全部报酬，即3500元。
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