发现对方在签订合同时使用了假公章，这确实是一个需要严肃对待的问题，它不仅可能影响到合同的效力，还可能涉及到违法行为。以下是我为您整理的一套详细且有条理的处理建议：
一、初步确认与应对
保留证据：
- 立即妥善保管所有与合同相关的文件，包括但不限于合同原件、往来邮件、聊天记录、电话录音等。
- 如果可能，收集对方使用假公章的直接证据，如公章的照片、视频或后续申请的公章鉴定报告。
停止履行义务：
- 在确认公章为假后，应立即停止履行合同中的任何义务，以防止进一步的经济损失。
尝试沟通：
- 通过正式且书面的方式（如邮件、律师函）与对方联系，明确指出公章问题，并要求对方给出合理解释和解决方案。但需注意，沟通时要保持冷静和理性，避免激化矛盾。
二、法律途径解决
申请公章鉴定：
- 向专业的印章鉴定机构申请对合同上的公章进行鉴定，以获取权威的真伪证明。
对比备案公章：
- 到公安机关查询对方公章的备案信息，与合同上的公章进行比对，进一步确认公章的真伪。
报警处理：
- 如果确认对方使用假公章，且涉嫌伪造公司印章罪或合同诈骗罪，应立即向当地公安机关报案，并提供相关证据。
提起诉讼：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，如果因对方使用假公章导致合同无效或被撤销，您可以向法院提起民事诉讼，要求对方承担违约责任或赔偿损失。
- 在诉讼过程中，您可以申请法院对公章进行司法鉴定，以作为判决的依据。
向工商部门举报：
- 您还可以向当地的工商行政管理部门举报对方的违法行为，请求相关部门介入调查并采取相应的行政措施。
三、合同效力与后续措施
决定合同效力：
- 如果对方的行为构成表见代理（即您有理由相信行为人有代理权），则合同可能被认定为有效，您只能追究对方公司的违约责任。
- 如果不构成表见代理，则使用假公章签订合同属于无权代理，合同效力待定。如果被代理人不予追认，则合同无效。
合同有效时的措施：
- 如果合同有效，您可以要求对方继续履行合同义务，或者依据合同约定主张违约责任。
合同无效时的措施：
- 如果合同无效，根据《民法典》的规定，您应要求对方返还因合同取得的财产；不能返还或无需返还的，应要求对方折价补偿。
- 同时，您可以要求有过错的一方赔偿您因此所受的损失；如果双方都有过错，则各自承担相应责任。
四、后续注意事项与风险防范
关注案件进展：
- 积极配合公安机关和法院的调查工作，提供必要的协助和证据。
- 定期了解案件的进展情况，并根据需要调整自己的应对策略。
加强风险防范：
- 在未来的商业活动中，应加强对合作方的资信调查和风险评估，确保交易的安全性和合法性。
- 对于重要合同，可以考虑聘请专业律师进行审查和指导，以降低法律风险。
维护自身权益：
- 在整个处理过程中，要始终保持冷静和理性，依法维护自己的合法权益。
- 如遇到复杂或棘手的法律问题，应及时咨询专业律师的意见和帮助。
综上所述，发现对方使用假公章是一个严重的问题，需要迅速而谨慎地处理。通过与专业律师合作，并采取适当的法律措施，您可以最大限度地保护自己的合法权益，并有效防范未来的类似风险。