针对新食品安全法中菌落总数超标的情况，具体的处罚措施会依据《中华人民共和国食品安全法》的相关规定来执行。以下是对此问题的详细解答：
首先，要明确的是，菌落总数超标是违反了《中华人民共和国食品安全法》第三十四条的规定，该条规定明确了食品生产经营者应当遵守的食品安全标准，包括不得生产经营不符合食品安全标准的食品。
当食品被检测出菌落总数超标时，相关部门（如市场监督管理局）会依法进行调查处理。处理流程通常包括以下几个步骤：
抽样检验：市场监管部门会对市场上的食品进行定期或不定期的抽样检验，以检测食品的质量和安全。
结果判定：如果抽样检验的结果显示菌落总数超标，那么该批次食品将被判定为不合格。
立案调查：市场监管部门会对生产经营该批次食品的企业进行立案调查，了解食品的生产、销售、储存等环节，以及超标的原因和范围。
行政处罚：根据调查结果，市场监管部门将依据《中华人民共和国食品安全法》第一百二十四条的规定，对生产经营者进行行政处罚。处罚措施可能包括没收违法所得、罚款、吊销许可证等。具体来说，如果生产经营者生产经营了菌落总数超过食品安全标准限量的食品，可能会面临货值金额一定倍数的罚款，情节严重的还可能被吊销许可证。
整改与复查：被处罚的生产经营者需要按照市场监管部门的要求进行整改，并在规定时间内提交整改报告。市场监管部门会对整改情况进行复查，确保问题得到彻底解决。
以本溪市市场监督管理局处理的某调味品有限公司生产经营菌落总数超标的酱油案为例，该公司因生产经营菌落总数超标的酱油被依法处罚。这显示了市场监管部门对食品安全问题的严格监管和严厉处罚。
综上所述，新食品安全法对菌落总数超标的情况有明确的处罚规定。生产经营者应当严格遵守食品安全法规，确保食品的质量和安全。如果食品被检测出菌落总数超标，生产经营者将面临严厉的行政处罚。