根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十二条以及《中华人民共和国劳动法》第二十九条的明确规定，女职工在孕期、产期、哺乳期内的，用人单位不得依照劳动合同法第四十条（关于无过失性辞退）和第四十一条（关于经济性裁员）的规定解除劳动合同。这一规定旨在保护女性员工的特殊生理时期，确保其合法权益不受侵害。同时，《中华人民共和国妇女权益保障法》第二十七条也进一步强调，任何单位不得因结婚、怀孕、产假、哺乳等情形，降低女职工的工资，辞退女职工，或单方解除劳动（聘用）合同及服务协议。
举例说明：假设小李是一名怀孕的女员工，她在公司工作期间表现良好，没有违反公司规章制度的行为。此时，公司不能因为小李怀孕而辞退她，否则将构成违法辞退。
尽管法律对怀孕女员工提供了特殊的保护，但如果怀孕女员工存在《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条规定的情形，用人单位仍然可以解除劳动合同。这些情形包括但不限于：
举例说明：如果小张是一名怀孕的女员工，但她在工作期间严重违反了公司的规章制度，如多次旷工、泄露公司机密等，且这些行为给公司造成了重大损失。此时，公司可以依据相关法律法规辞退小张。
如果公司违法辞退怀孕的女员工，女员工有权要求公司继续履行劳动合同，或者要求公司支付赔偿金以维护自身合法权益。赔偿金的计算方式通常为经济补偿标准的双倍，具体数额根据女员工在公司的工作年限和工资水平确定。
赔偿金计算公式：赔偿金 = 经济补偿标准 × 2 = （按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准 + 六个月以上不满一年的，按一年计算 + 不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿）× 2
举例说明：如果小王在公司工作了3年，月工资为5000元，且公司违法辞退了她。那么，小王有权要求公司支付的赔偿金为：（3年 × 1个月工资/年 + 0（因为不满六个月不计入））× 2 × 5000元/月 = 30000元。
总结与建议：
公司在处理怀孕女员工的劳动关系时，应严格遵守相关法律法规，确保女员工的合法权益不受侵害。同时，对于存在严重违反公司规章制度等法定情形的怀孕女员工，公司可以依法解除劳动合同，但必须确保程序的合法性和正当性。如果女员工遭遇违法辞退，可以通过申请劳动仲裁或提起诉讼等方式来维护自己的合法权益。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。