当合同与招标文件不一致时，主要违反了《中华人民共和国招标投标法》的相关规定，具体涉及实质性内容不一致和非实质性内容不一致两种情况，以下分别进行说明：
一、实质性内容不一致
法律规定：
- 根据《中华人民共和国招标投标法》第四十六条，招标人和中标人应当自中标通知书发出之日起三十日内，按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同。招标人和中标人不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议。
- 实质性内容通常包括工程范围、建设工期、工程质量、工程造价等关键条款。
法律后果：
- 如果合同与招标文件的实质性内容不一致，可能构成违法，相关不一致的条款可能被视为无效。
- 在这种情况下，应以备案的中标合同作为结算工程价款的根据，确保合同内容的合法性和公正性。
处理建议：
- 双方应首先通过友好协商解决不一致问题，修改合同条款以与招标文件保持一致。
- 如果协商无果，可寻求招投标监管部门介入调解，或通过仲裁、诉讼等法律途径解决争议。
二、非实质性内容不一致
法律规定：
- 对于非实质性内容，如合同格式、文字表述、一般性条款等，法律并未明确规定必须与招标文件完全一致。
- 在双方协商一致且不违反法律法规的前提下，可认可其效力调整。
法律后果：
- 非实质性内容的不一致通常不会影响合同的效力，但可能引发合同解释上的争议。
- 如果调整内容违反了法律法规的强制性规定或招投标活动的公平公正原则，相关条款可能被视为无效。
处理建议：
- 双方应在签订合同前仔细审查合同内容，确保与招标文件的一致性，特别是对于可能引发争议的非实质性条款。
- 如果发现不一致，应及时与对方沟通，通过补充协议等方式明确双方的真实意图，避免后续争议。
三、综合处理建议
加强合同管理：
- 在招标和合同签订过程中，应加强合同管理，确保招标文件和合同内容的一致性。
- 对于可能出现的变更和补充，应及时进行沟通和确认，并书面记录，确保双方权益得到保障。
提高法律意识：
- 提高参与招标和合同签订过程的各方法律意识，遵守相关法律法规规定。
- 确保合同条款的修改和补充符合法律法规要求，并经过相关部门的审批和备案。
寻求专业帮助：
- 如果双方对如何处理不一致的问题存在分歧，可以向我咨询，我会根据具体情况提供法律建议。
举例说明：假设在一个建设工程招标项目中，招标文件明确规定了工程范围为A、B、C三项，但中标后签订的合同中却将工程范围变更为A、B两项，遗漏了C项。这种情况下，合同与招标文件的实质性内容不一致，违反了《中华人民共和国招标投标法》的相关规定。双方应首先通过协商解决，如果协商无果，则可能需要通过法律途径解决争议，并可能面临责令改正和罚款的处罚。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。