结论前置：

1. 旷工三天自动离职，用人单位不能随意克扣工资，扣除部分应合理且不得低于当地最低工资标准。
2. 员工在遇到这种情况时，除了工资问题，还可以争取未签订劳动合同的双倍工资差额（如适用）、经济补偿金（如符合法定情形）、要求用人单位出具离职证明等权益。

详细分析：

工资扣除问题

• 法律依据与合理性： 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位不能因旷工三天自动离职而随意克扣劳动者工资。工资扣除应基于用人单位依法制定并公示的规章制度，且扣除部分需合理，通常与旷工所造成的实际损失相当，按天扣除是常见做法。但扣除后的工资不得低于当地最低工资标准，否则属于违法行为。

• 实际操作建议： 员工应先查看用人单位的规章制度或咨询相关部门负责人，了解具体的扣工资规定。如对处理结果有异议，应及时向当地劳动监察部门投诉或寻求法律援助，以维护自己的合法权益。

其他可争取的权益

1. 未签订劳动合同的双倍工资差额：

   • 如果用人单位自用工之日起超过一个月不满一年未与劳动者订立书面劳动合同，员工有权要求用人单位每月支付二倍的工资作为赔偿。这是《中华人民共和国劳动合同法》的明确规定，旨在保护劳动者的合法权益。

2. 经济补偿金：

   • 在某些情况下，如用人单位存在违法行为（如未及时足额支付劳动报酬、未依法为劳动者缴纳社会保险费等），员工提出解除劳动合同的，用人单位应当向劳动者支付经济补偿金。经济补偿金的标准根据劳动者在本单位工作的年限和月工资水平确定。

3. 离职证明：

   • 无论员工因何种原因离职，用人单位都有义务为员工出具离职证明。离职证明是员工后续求职或办理相关手续的重要依据，用人单位不得拒绝或拖延出具。

案例分析：

以小李为例，他在某公司工作但未签订劳动合同，旷工三天后公司以自动离职为由扣了他部分工资。小李首先查看了公司的规章制度，发现扣除工资的规定并不合理，且扣除后的工资低于了当地最低工资标准。于是，小李向当地劳动监察部门投诉，并要求公司支付未签订劳动合同的双倍工资差额。经过调解，公司同意支付小李被扣除的不合理部分工资，并补发了未签订劳动合同的双倍工资差额。

总结与建议：

在遇到旷工三天自动离职被扣工资的情况时，员工应首先了解用人单位的规章制度和当地劳动法律法规，确保自己的权益不受侵害。如对处理结果有异议，应及时向当地劳动监察部门投诉或寻求法律援助。同时，员工还可以关注自己是否还有其他可争取的权益，如未签订劳动合同的双倍工资差额、经济补偿金等。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。