车辆发生自燃时，保险公司是否会赔偿，这主要取决于几个关键因素：车主是否投保了自燃损失附加险（自燃险），以及自燃的具体原因和情况是否符合保险合同的约定。下面我将详细为您分析：
一、已投保自燃险的情况
赔偿范围与条件：
- 如果车主投保了自燃险，并且自燃是由保险合同约定的原因（如车辆电器、线路、供油系统发生故障或运载货物自身原因）引起的，那么保险公司将赔偿因自燃造成的保险车辆本身的损失。
- 同时，保险公司也会承担被保险人为防止和减少保险车辆的损失所支付的必要合理的施救费用。
赔偿标准：
- 保险公司通常会在保险单所载明的保险金额内，按车辆实际损失的80%进行赔付，但存在20%的绝对免赔率。这意味着车主需要自行承担一部分损失。
特殊情况不赔：
- 如果车辆自燃是由于车主私自改装线路、油路等非法改装行为导致的，或者车辆从事营运活动且使用性质与投保时不一致，以及被保险人违反车辆安全操作规则（如人工直接供油、明火烘烤等）或故意行为造成的损失，保险公司将不予赔偿。
二、未投保自燃险的情况
新车质保期内：
- 如果车辆在质保期内且自燃非由外力或车主不当使用造成，而是车辆本身质量缺陷导致，那么应由汽车生产厂家承担责任。车主可以向厂家或经销商要求赔偿。
旧车或其他情况：
- 如果车辆未投保自燃险，且自燃不是由第三方原因（如其他车辆起火蔓延、外界火源引发等）导致的，那么保险公司通常不会赔偿因自燃及不明原因火灾造成的损失和费用。车主需自行承担全部损失。
三、理赔流程
立即报案：
- 车辆发生自燃时，车主应立即拨打保险公司的报案电话，并按照客服人员的指示进行操作。
现场勘查：
- 保险公司会安排定损人员前往现场勘查，确定损失程度和赔偿金额。
提供证明材料：
- 车主需要提供相关的证明材料，如车辆行驶证、购车发票、保险单、火灾事故证明等，以便保险公司进行理赔审核。
赔付处理：
- 保险公司会根据实际情况和保险合同的约定进行赔付。如果符合赔偿条件，保险公司将按照约定的比例和金额进行赔付。
总结与建议：
车辆自燃时的保险理赔问题需根据具体情况而定。车主在购车时应充分考虑自燃险的选择，以便在车辆发生自燃时能够得到及时的赔偿。同时，在事故发生后，车主也应及时、正确地处理理赔事宜，保留好所有相关证据和文件，并积极配合保险公司或相关部门的调查工作。如果车主对保险条款或理赔流程有任何疑问，建议咨询专业的保险顾问或律师以获取更详细的解答和建议。