甲方代施工单位付款，在符合一定条件下是合法的。这一行为主要涉及到合同相对性原则的突破以及委托付款或第三人代为履行等法律概念，下面我将从不同角度为你详细分析：
一、合同相对性原则与突破
在一般的合同关系中，合同相对性原则是基本原则之一，即合同只对缔约双方具有法律约束力，对合同以外的第三人不产生法律约束力。然而，在实际商业活动中，为了交易的便捷和效率，合同相对性原则有时会被突破。甲方代施工单位付款，可以视为对合同相对性原则的一种突破，但这种突破需要满足一定的条件。
二、委托付款
合法性基础：
- 如果施工单位与甲方之间存在委托付款的协议，即施工单位委托甲方代为向第三方（如材料供应商、分包商等）支付款项，那么这种代付款行为就是合法的。
- 委托付款协议应当明确双方的权利义务，包括付款金额、付款时间、付款对象等，以确保代付款行为的合法性和有效性。
法律后果：
- 在委托付款的情况下，甲方作为受托人，有义务按照委托协议的约定向第三方支付款项。
- 如果甲方未按照约定支付款项，导致施工单位或第三方遭受损失的，甲方应当承担相应的赔偿责任。
三、第三人代为履行
合法性基础：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人约定由第三人向债权人履行债务，第三人不履行债务或者履行债务不符合约定的，债务人应当向债权人承担违约责任。
- 在建设工程合同中，如果施工单位与甲方约定由甲方代为向第三方支付款项，且这种约定不违反法律、行政法规的强制性规定，那么这种代付款行为就是合法的。
法律后果：
- 在第三人代为履行的情况下，甲方作为第三人，有义务按照约定向第三方支付款项。
- 如果甲方未按照约定支付款项，导致施工单位或第三方遭受损失的，施工单位有权要求甲方承担违约责任或赔偿责任。但需要注意的是，这种责任承担方式可能因具体合同条款和法律规定而有所不同。
四、实际操作中的注意事项
明确约定：
- 无论是委托付款还是第三人代为履行，都应当在合同中明确约定相关条款，包括付款金额、付款时间、付款对象、违约责任等，以避免纠纷的发生。
保留证据：
- 在代付款过程中，甲方应当保留好相关证据，如付款凭证、委托协议、沟通记录等，以证明代付款行为的合法性和有效性。
遵守法律：
- 甲方在代付款过程中，应当遵守相关法律法规的规定，不得利用代付款行为进行违法活动或损害他人利益。
举例说明：假设施工单位与甲方签订了一份建设工程合同，约定由施工单位负责施工，甲方负责支付工程款。在施工过程中，施工单位需要向材料供应商支付材料款，但由于资金紧张，施工单位与甲方协商由甲方代为支付材料款。此时，如果双方签订了委托付款协议或第三人代为履行协议，并明确了相关条款和违约责任，那么这种代付款行为就是合法的。
建议：如果你在实际操作中遇到甲方代施工单位付款的情况，建议先审查相关合同条款和协议约定，确保代付款行为的合法性和有效性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。