结论前置：旷工一天扣三天工资的做法，在大多数情况下是不合法的，因为它违反了《劳动法》及相关法规中关于不得无故克扣或拖欠劳动者工资的规定。下面我将从多个角度为你详细分析这个问题。
法律依据与劳动者权益
《劳动法》第五十条明确规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，且不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这意味着，劳动者有权获得按时足额支付的工资，任何形式的克扣或无故拖欠都是不被允许的。
《劳动合同法》第三十条也强调，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。旷工一天，劳动者仅当天未提供劳动，因此用人单位最多只能不支付当天的工资，而扣除三天工资的做法显然超出了合理范围，侵害了劳动者获取劳动报酬的权益。
规章制度的有效性
虽然用人单位有权根据自身的生产经营特点和经济效益，依法自主确定本单位的工资分配方式和工资水平，并通过规章制度对员工的考勤等进行管理，但这些规章制度必须符合法律规定，并经过民主程序制定（如与工会或职工代表平等协商确定），同时向劳动者明确公示告知。如果规章制度未经这些程序，或内容违反法律规定，那么该规定对劳动者不具有法律效力。因此，如果用人单位的规章制度中规定了旷工一天扣三天工资，但这一规定未经民主程序制定或未向劳动者公示，那么该规定是不合法的。
经济损失与赔偿
如果劳动者旷工的行为给用人单位造成了实际经济损失，用人单位可以要求劳动者赔偿损失。但这种赔偿应当基于实际损失的合理计算，并提供相应的证据支持。简单地以扣三天工资这种明显不合理的方式进行赔偿，是不被法律所认可的。
合法合理的处理方式
对于劳动者的旷工行为，用人单位应当依据公司的规章制度或劳动合同约定进行处理。处理方式可以包括给予警告、记过、扣减绩效考核分数、扣减奖金等，但这些处理方式都应当在合法、合理、公正的范围内进行，不能违反国家法律法规的规定。例如，用人单位可以规定旷工一天扣当天工资，或者根据旷工天数给予相应的纪律处分，但不能无故扣除多天的工资。
劳动者的维权途径
如果劳动者认为用人单位的处理方式不合法或不合理，可以与用人单位协商解决。协商不成的，劳动者可以向劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。在必要时，还可以依法提起诉讼。
总结与建议：旷工一天扣三天工资的做法通常是不合法的。作为劳动者，你有权获得按时足额支付的工资，并有权对用人单位的违法行为进行维权。如果遇到这种情况，建议你先查看用人单位的规章制度或劳动合同中是否有相关规定，并评估其合法性。如果认为自身权益受到侵害，可以与用人单位协商解决；协商不成时，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。