针对已缴纳耕地开垦费和罚没收入的土地，其处理方式需结合土地性质、违法情形及行政机关的处罚决定综合判断，具体分以下两种情况处理：

1. 若土地属于“违法占用耕地”情形

根据《土地管理法》第七十五条、第七十七条及《土地管理法实施条例》第五十六条，若土地使用者未经批准非法占用耕地（如改变耕地用途建房、挖砂等），行政机关会作出两项处理：

• 罚没收入：对违法占用耕地的行为处以罚款（按占用面积计算，如每平方米100元至1000元）；
  
• 耕地开垦费：若占用的是永久基本农田，需按更高标准缴纳耕地开垦费（用于补划同等数量和质量的耕地）。
  

后续处理：

• 行政机关会责令限期改正（如拆除建筑物、恢复耕种条件）；
  
• 若逾期未改正，可能强制执行并追加罚款；
  
• 土地使用权人需按要求完成整改后，方可重新申请合法用地手续（如补办农用地转用审批）。
  

2. 若土地属于“合法用地但需补缴费用”情形

若土地使用者已通过合法程序占用耕地（如经批准的建设项目），但未按规定缴纳耕地开垦费或存在其他欠费（如滞纳金），行政机关会：

• 追缴欠费（包括耕地开垦费本金及可能产生的滞纳金）；
  
• 责令限期补办手续（如完善用地审批、补签土地出让合同）；
  
• 若涉及非法转让土地，可能没收违法所得并处罚款。
  

后续处理：

• 补缴费用后，土地使用权可依法继续行使；
  
• 若存在其他违法情形（如未批先建），需同步完成整改（如补办规划许可、施工许可）。
  

关键提醒

• 土地处理的核心是“恢复合法状态”，无论是违法占用还是欠费，均需以行政机关的《处罚决定书》或《责令改正通知书》为准；
  
• 若对处罚决定有异议（如罚款金额、整改要求），可在收到决定书之日起60日内申请行政复议，或6个月内直接提起行政诉讼；
  
• 具体操作中，建议结合土地规划用途（如是否为永久基本农田）、占用时间、是否造成耕地破坏等因素，进一步分析法律风险。
  

如有具体案件细节（如土地位置、占用面积、处罚文书内容等），可进一步向我说明，我会结合实际情况提供更精准的建议。