借名购车协议的合法性需分情况讨论，其效力可能因具体情形和法律规定而有所不同。以下从不同角度为你详细分析：
一、协议本身不直接违法，但可能因违反特定规定而无效
借名购车协议，本质上是一种委托合同关系，即实际购车人（借名人）委托名义购车人（出名人）以出名人的名义购买车辆。从合同法的角度来看，如果协议内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么协议本身是合法的，对双方具有约束力。
然而，借名购车往往与车辆限购政策相关联。在一些城市，为了控制车辆增长、缓解交通压力，实施了车辆限购政策，即只有符合一定条件（如本地户籍、连续缴纳社保等）的人才能参与车牌摇号或竞价，获得购车资格。如果借名人不具备购车资格，而通过借名的方式规避限购政策购车，那么这种行为就可能违反了限购政策的目的和初衷。
在这种情况下，借名购车协议可能因违反法律、行政法规的强制性规定（如限购政策）而被认定为无效。因为限购政策属于公法范畴，其目的在于维护社会公共利益和交通秩序，如果允许通过借名购车的方式规避限购政策，那么将损害社会公共利益，破坏交通秩序。
二、协议可能因损害第三人利益而无效
除了可能违反限购政策外，借名购车协议还可能因损害第三人利益而无效。例如，如果出名人将车辆抵押给第三人或出售给第三人，而第三人并不知道车辆的实际所有权归属，那么借名人可能无法对抗第三人的权利主张。在这种情况下，如果借名人因此遭受损失，虽然可以向出名人追偿，但协议本身可能因损害第三人利益而被认定为无效或部分无效。
三、协议有效时的法律后果
如果借名购车协议被认定为有效，那么双方应当按照协议约定履行各自的义务。借名人应当支付购车款项和相关费用，出名人应当协助借名人办理车辆登记、年检等手续。然而，即使协议有效，借名人也面临车辆被出名人处分（如抵押、出售）的风险。因为车辆登记在出名人名下，从法律外观上看，出名人是车辆的所有权人。如果出名人擅自处分车辆，借名人可能难以追回车辆或获得足额赔偿。
四、法律建议
借名购车协议的合法性并非绝对，而是取决于具体情形和法律规定。如果你面临借名购车相关的问题或纠纷，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律意见和帮助。