被执行人在同一法院有多个案子都是民间借贷纠纷，同一原因的司法拘留一般不能超过一次。但具体情况还需根据案件的具体事实、法院的裁定以及相关的法律规定来确定。

首先，司法拘留作为一种强制措施，其目的是为了保障诉讼活动的顺利进行，或者促使被执行人履行法律义务。在民间借贷纠纷中，如果被执行人未履行生效法律文书确定的义务，法院有权根据其情节轻重，决定是否对其采取司法拘留措施。

然而，对于同一法院内的多个民间借贷纠纷案件，如果被执行人因同一原因（如未履行还款义务）被多次申请司法拘留，法院通常会综合考虑案件的整体情况，包括被执行人的履行能力、履行意愿、案件的执行进展等因素，来决定是否再次采取司法拘留措施。

一般来说，如果被执行人已经因同一原因被司法拘留过一次，并且在此期间没有新的违法行为或者拒不履行的情况，法院通常不会再次对其采取司法拘留措施。因为司法拘留毕竟是一种强制性的限制人身自由的措施，需要谨慎使用，并且也要考虑到被执行人的合法权益。

但需要注意的是，如果被执行人在司法拘留期间或者之后，仍然拒不履行生效法律文书确定的义务，或者有新的违法行为，那么法院仍然有权根据其情节轻重，再次对其采取司法拘留措施。

总之，被执行人在同一法院有多个案子都是民间借贷纠纷，同一原因的司法拘留一般不能超过一次，但具体情况还需根据案件的具体事实和法律规定来确定。如果你对此有进一步的疑问或者需要更详细的法律建议，可以直接向我咨询。