关于“无照无证经营三年多没收违法所得是否扣除成本”的问题，我可以给你一个明确的解答。

在无照无证经营的情况下，没收违法所得通常是会扣除合理支出或成本的。这是依据我国《行政处罚法》的相关规定来执行的。具体来说：

1. 违法所得的范围：违法所得应包括无照经营期间通过销售商品或提供服务所获得的全部收入，这包括但不限于现金收入、银行转账等各种形式的收入。

2. 扣除合理支出或成本：在计算违法所得时，会扣除与无照经营活动直接相关的合理支出或成本。这些支出或成本可能包括购买原材料、租赁场地、支付员工工资等。但需要注意的是，这些支出或成本必须是合法且合理的，不能包括任何非法支出或虚构的成本。

因此，在无照无证经营被查处时，相关部门会依据上述原则来计算违法所得，并据此作出相应的行政处罚。如果你对此有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。