招标代理费由中标方支付是否合法，需根据具体情况及合同约定来判断，但原则上，除非招标文件有明确说明并由投标人接受，否则招标代理费应由招标人支付。以下是对此问题的详细分析：
一、法律法规基础
- 《中华人民共和国招标投标法》：该法并未明确规定招标代理费的具体承担主体，但强调了招标活动的公平、公正和透明原则。招标代理费作为招标过程中的一项费用，其承担方式应遵循这些原则。
- 政策调整与市场调节：随着相关政策的调整，招标代理服务收费标准已由政府指导价改为市场调节价。这赋予了市场主体更多自主定价空间，但并未否定招标代理机构向中标人收取服务费的合法性，前提是这种收取方式需符合法律法规且事先明确约定。
二、招标代理费的性质与常规承担方式
- 性质：招标代理费是招标代理机构因提供招标服务（如编制招标文件、组织开标评标等）而收取的报酬，属于服务费用。
- 常规承担方式：在大多数情况下，根据行业惯例和法律法规，招标代理费应由招标人承担。因为招标人是招标活动的发起者和受益者，且招标代理服务是基于招标人与招标代理机构之间的委托关系产生的。
三、特定情况下的合法性分析
招标文件与合同约定：
- 如果招标文件中有明确规定或合同中有相应条款约定招标代理费由中标方支付，并且这一约定清晰、无歧义，不违反法律法规的强制性规定，那么这样的做法是合法的。
- 约定必须清晰明确地写在招标文件中，以便潜在投标人在参与投标时能清楚知晓费用承担事项。
- 相关约定不能存在不合理的歧视性或排他性条款，以确保招投标活动的公平、公正和公开。
双方共识与未中标单位权益：
- 招标人与中标方需在招标文件和合同中达成明确的共识，并确保该约定不会损害其他未中标单位的合法权益。
- 如果招标代理费的承担方式引发争议或损害其他投标人的利益，可能面临法律风险和纠纷。
四、风险与建议
风险：
- 若招标代理费的承担方式不明确或存在争议，可能引发后续纠纷和风险，影响项目的顺利进行。
- 如果招标文件中的约定违反法律法规或存在不公平条款，可能面临行政处罚或法律诉讼。
建议：
- 在招标前，招标人应明确费用承担方式，并在招标文件中清晰表述，以避免后续产生不必要的纠纷。
- 中标方在参与投标时，应仔细审查招标文件中的相关条款，如有疑虑应及时提出质疑或咨询专业律师（即向我咨询）。
- 如遇纠纷，各方应通过合法途径解决，如协商、调解、仲裁或诉讼等。
五、实际操作中的惯例
在实际操作中，除非招标文件有特别约定，否则招标代理费通常由招标人负责支付。这是基于招标代理服务的性质、法律法规的规定以及行业惯例得出的结论。因此，在缺乏明确约定的情况下，招标代理费由中标方支付可能缺乏合法性和合理性。
总结：招标代理费由中标方支付并非绝对合法或非法，其合法性取决于招标文件、合同条款以及相关法律法规的具体规定。在实际操作中，建议各方遵循法律法规和行业惯例，确保费用承担方式的明确性、合理性和合法性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。