关于公司以规章制度为由进行罚款是否合法的问题，这确实是一个涉及劳动法、劳动合同法以及行政处罚法等多个法律领域的复杂议题。以下是我为您提供的详细分析：
一、一般情况下的不合法性
在大多数情况下，公司直接依据自身规章制度对员工进行罚款是不合法的。这主要是因为：
法律未授权：根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》，用人单位虽然有权建立和完善规章制度，但并未被赋予直接对员工进行罚款的权力。罚款，作为一种行政处罚手段，其行使权严格限定在行使国家行政权力的行政管理机关或法律授权行使行政权力的机构，公司并不具备这样的权限。
程序不合法：即便公司规章制度中包含了罚款条款，但如果这些条款的制定过程未经职工代表大会或全体职工讨论，未与工会或职工代表平等协商确定，那么这些条款在程序上就是不合法的，基于此进行的罚款自然也是不合法的。
未公示告知：规章制度制定后，公司有义务向全体员工公示或告知。如果公司仅内部发布罚款制度文件而未通过合适方式让员工知晓，那么员工有权拒绝遵守这些未公示告知的条款，公司也不能依据这些条款对员工进行罚款。
二、特定情况下的合法性
然而，在特定情况下，公司基于合同约定或赔偿性扣款对员工进行经济上的调整，可能被视为合法。这主要包括：
基于合同约定：如果劳动合同中有明确约定，在员工出现特定违约行为时，公司有权要求员工承担一定的赔偿责任，那么这种赔偿性质的约定在一定程度上可能被视为合法。但需要注意的是，扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。
合法的赔偿性扣款：当员工在工作过程中因自身过错给公司造成实际经济损失时，公司可以要求员工赔偿该损失。例如，员工违反操作规程导致设备损坏，公司可要求员工赔偿设备维修费用等实际损失。但公司需提供充分证据证明损失的存在及与员工行为的因果关系。
三、公司的合法管理措施
为了确保公司正常运营并维护员工纪律，公司可以采取以下合法措施来管理员工：
警告制度：对于轻微违规行为，公司可以给予口头或书面警告，作为提醒和改正的机会。
解除劳动合同：对于严重违反公司规章制度或劳动合同约定的行为，公司有权依法解除劳动合同。
绩效考核与激励：通过设立合理的绩效考核体系，对表现优秀的员工给予奖励，对表现不佳的员工进行辅导和改进。
培训与教育：定期组织员工培训，提升员工的职业素养和技能水平，增强员工对公司规章制度的理解和遵守意识。
四、建议
对于公司而言，制定规章制度时应确保内容合法合理、程序合规、公示告知，并定期审查与更新。对于员工而言，应了解自身权益，对于不合法的罚款行为，有权向相关部门投诉或寻求法律援助。
综上所述，公司以规章制度为由进行罚款在一般情况下是不合法的，但在特定情况下基于合同约定或赔偿性扣款可能被视为合法。公司应严格遵守相关法律法规，采取合法且合理的方式来管理员工。