关于“上班不打卡是否合法”的问题，这并非一个简单的“合法”或“不合法”的判断，而是需要结合具体的公司规章制度、劳动合同内容以及相关法律法规来综合分析。
首先，我们要明确的是，劳动关系一旦建立，劳动者就应当接受用人单位的管理，并遵守用人单位的规章制度。这包括但不限于工作时间、考勤方式等。因此，如果公司有明确的打卡制度，并且这一制度已经通过合法程序（如职工代表大会审议通过）制定并告知了员工，那么员工就有义务遵守这一制度。
接下来，我们分析几个关键点：
公司规章制度的合法性：公司的打卡制度必须合法，不能侵犯员工的合法权益，如隐私权等。例如，如果公司要求员工使用个人手机进行定位打卡，但并未提供必要的设备或补偿，且这一要求明显侵犯了员工的隐私权，那么这样的制度可能是不合法的。然而，在大多数情况下，使用常规的打卡软件（如钉钉）进行考勤，并不构成对员工隐私权的侵犯。
劳动合同的约定：劳动合同是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。如果劳动合同中明确规定了考勤方式，那么双方都应当遵守。如果劳动合同中没有明确规定，但公司通过合法程序制定了打卡制度，并告知了员工，员工也应当遵守。
员工是否知晓并同意：员工必须知晓公司的打卡制度，并且没有提出合理的异议或拒绝执行（除非该制度确实违法或侵犯了员工的合法权益）。如果员工在知晓制度后仍然拒绝打卡，那么公司有权根据规章制度进行处理。
公司处理方式的合理性：即使员工未打卡，公司在处理时也应当遵循合理、公正的原则。例如，公司应当给予员工足够的提醒和整改机会，而不是直接开除。同时，公司的处理方式也应当符合相关法律法规的规定。
具体到案例：
在您提供的第一个案例中，任中军因未按照公司要求进行钉钉打卡而被开除。法院认为，公司要求的考勤方式不存在明显不便，也无苛刻之嫌，且公司已经通过合法程序制定了相关制度并告知了员工。任中军拒不服从管理，公司以违纪为由解除劳动合同并不违法。
在第二个案例中，雷某因上班打卡不规范且经多次提醒后仍未整改而被开除。法院在审理时也会综合考虑公司规章制度的合法性、劳动合同的约定、员工是否知晓并同意以及公司处理方式的合理性等因素。
总结：
上班不打卡是否合法，取决于公司的规章制度、劳动合同的约定以及相关法律法规的规定。如果公司有明确的打卡制度，并且这一制度合法、合理且已经告知了员工，那么员工就有义务遵守。如果员工拒绝打卡，公司有权根据规章制度进行处理，但处理方式必须合理、公正且符合相关法律法规的规定。因此，不能简单地说“上班不打卡就是合法的”或“上班不打卡就是不合法的”，而是需要具体问题具体分析。