公司扣员工工资是否违法，需根据具体情况判断。以下从合法与违法两种情形进行详细分析：
合法扣工资的情形
代扣代缴法定款项
- 公司可以依法代扣代缴员工的个人所得税、社会保险费用（如养老保险、医疗保险等）、住房公积金以及其他法律、法规规定的应由员工个人负担的费用。例如，根据个人所得税法规定，公司在发放工资时可以代扣个人所得税；同时，按照规定的比例代扣养老保险、医疗保险等费用。
依据合法有效的规章制度
- 如果公司通过民主程序制定了合法有效的规章制度，并且这些制度已向员工公示，那么公司在员工违反规章制度时，有权按照制度规定扣除相应工资。例如，员工旷工或迟到早退达到制度规定的次数，公司可按规定扣除相应工资。但需注意，扣除金额应合理，且不能超出法律允许的范围。
员工给公司造成经济损失
- 若员工因故意或重大过失给公司造成经济损失，公司可以要求员工赔偿，并可从其工资中扣除赔偿费用。但每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。例如，若员工在工作中因疏忽导致公司财产损失，公司可按月从其工资中合理扣除赔偿款。
绩效工资调整
- 绩效工资作为浮动工资部分，公司可以根据员工的绩效考核结果来调整其绩效工资。这种调整应基于公平、公正的原则，并且与员工的绩效表现直接相关。
违法扣工资的情形
无故克扣工资
- 公司无正当理由扣减员工应得工资，或以各种不合理的借口扣工资，均属违法。例如，员工按时完成工作任务且无违规行为，但公司无故决定扣减其工资，即为违法克扣。
违反最低工资标准
- 公司扣除工资后，支付给员工的工资低于当地最低工资标准，也是违法行为。例如，若某地最低工资标准为每月1800元，而公司扣除某些费用后实际支付工资低于此标准，即属违法。
超出法定扣除范围
- 公司不能因员工对工作安排提出合理异议、个人生活习惯等非法定或合同约定的理由而擅自扣减工资。这种扣除行为侵犯了员工的合法权益。
未经员工同意的扣除
- 除非法律另有规定或劳动合同有明确约定，否则公司未经员工本人同意，不得擅自扣除其工资用于非法定或合同约定的事项。
劳动者权益保护途径
如果员工认为公司的扣工资行为不合法，可以通过以下途径来维护自己的权益：
与公司协商：首先尝试与公司进行沟通协商，了解扣工资的具体原因和依据，并表达自己的诉求。这是解决争议的最直接方式。
向劳动监察部门投诉：如果协商无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉。劳动监察部门会对公司的扣工资行为进行调查，并根据调查结果作出相应处理。
申请劳动仲裁或提起诉讼：如果员工对公司的扣工资行为有异议，且无法通过协商或投诉解决，可以选择向劳动仲裁机构申请劳动仲裁或向人民法院提起诉讼。在申请仲裁或诉讼前，建议员工收集好相关证据材料，如工资条、劳动合同、规章制度等，以便更好地支持自己的主张。
综上所述，公司扣员工工资是否违法需根据具体情况判断。员工应了解自己的合法权益和公司的扣工资依据，并在必要时采取合适的措施维护自身权益。如果你有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，可以直接向我咨询。