与经销商约定药品串货违约赔偿是有效的。下面我将从法律角度详细解释这一结论。

1. 合同自由原则：

   • 根据《中华人民共和国合同法》（虽已废止，但相关原则在新法中仍有体现）的规定，当事人有订立合同的自由，包括约定违约赔偿的条款。只要该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，不损害社会公共利益，就是有效的。
   • 在新的《中华人民共和国民法典》中，同样强调了合同自由原则，允许当事人在合同中约定各自的权利和义务，包括违约时的赔偿责任。

2. 药品串货行为的性质：

   • 药品串货通常指的是经销商未经授权或违反合同约定，将药品销售到非指定区域或渠道的行为。这种行为可能扰乱市场秩序，损害其他经销商或生产商的利益。
   • 因此，在合同中约定对药品串货行为进行违约赔偿，是合法且合理的，有助于维护市场秩序和合同当事人的合法权益。

3. 违约赔偿的约定方式：

   • 当事人在合同中约定违约赔偿时，应明确赔偿的范围、方式、标准等具体内容，以确保在发生违约时能够有据可依。
   • 例如，可以约定串货行为造成的实际损失作为赔偿依据，或者约定一定数额的违约金作为对违约行为的惩罚。

4. 法律后果：

   • 如果经销商违反了合同中的串货违约赔偿约定，守约方可以依据合同条款向法院提起诉讼，要求违约方承担赔偿责任。
   • 法院在审理此类案件时，会依据合同约定和法律规定，判断违约行为是否成立，并据此作出相应的判决。

综上所述，与经销商约定药品串货违约赔偿是有效的，这既符合合同自由原则，也有助于维护市场秩序和合同当事人的合法权益。如果你在具体操作中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。