国家二级保护植物的赔偿需根据具体违法情形及损害后果，结合行政处罚、刑事责任及民事赔偿规则综合判定，具体分析如下：

1. 行政处罚中的赔偿标准
   根据《野生植物保护条例》第二十三条，非法采集、收购、出售国家二级保护植物的，由林业或农业主管部门没收违法所得，并处违法所得10倍以下罚款；无违法所得的，处5万元以下罚款。赔偿范围通常限于行政机关认定的违法所得金额及罚款，例如：若违法采集10株二级保护植物并售卖获利2万元，则可能被没收2万元并处2万-20万元罚款。

2. 刑事责任中的赔偿规则
   若行为构成危害国家重点保护植物罪（《刑法》第三百四十四条），需承担刑事责任的同时赔偿生态损失。根据《最高人民法院关于审理环境民事公益诉讼案件适用法律若干问题的解释》，赔偿范围包括：

   • 直接损失：如植物死亡导致的科研价值、生态服务功能损失；
     
   • 修复费用：如补种、恢复植被的费用；
     
   • 惩罚性赔偿：若存在恶意破坏行为，法院可酌情判令额外赔偿。
     示例：非法采伐5株二级保护植物，经评估造成生态损失10万元，法院可能判令赔偿10万元修复费用，并处3年以下有期徒刑、拘役或罚金。

3. 民事赔偿的特殊情形
   若行为同时侵害他人财产权（如毁坏他人承包林地内的保护植物），需依据《民法典》第一千二百三十五条赔偿：

   • 植物本身价值（如市场评估价或科研价值）；
     生态功能损失（如固碳量、水土保持能力下降的损失）；
     修复期间的服务功能损失（如林地无法使用导致的收益减少）。
     注意：民事赔偿与行政处罚、刑事罚金不冲突，但需避免重复计算。

建议行动：若涉及具体案件，需立即固定证据（如现场照片、交易记录、鉴定报告），并委托专业机构评估损失。赔偿金额需以行政机关认定或法院判决为准，切勿自行协商后拒不履行，否则可能面临强制执行或信用惩戒。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作流程。