结论前置：老板让员工办理营业执照，无论员工是登记为法定代表人、股东还是其他身份，均存在多方面的法律风险，不仅可能对员工个人造成严重后果，也可能对公司运营带来不利影响。以下从多个角度详细分析这一行为的法律后果：
一、员工可能承担的法律责任与风险
作为法定代表人的风险：
- 民事责任：若公司在经营过程中出现违约或侵权行为，且法定代表人有过错，员工可能需要承担相应的赔偿责任。例如，公司因合同违约被对方起诉，若法定代表人被认定有过错，则可能需个人承担部分或全部赔偿责任。
- 行政责任：在税务违法或市场监管违法行为中，法定代表人可能面临罚款、限制出境等行政处罚。比如，公司偷税漏税，法定代表人可能因此被税务机关罚款或限制出境。
- 刑事责任：若公司实施犯罪行为，如非法集资、生产销售伪劣商品等，法定代表人可能被追究刑事责任。这种情况下，员工可能面临牢狱之灾。
作为股东的风险：
- 出资责任：若员工作为名义股东，而实际出资人未履行出资义务，员工可能需要在未出资范围内对公司债务承担补充赔偿责任。例如，公司因债务纠纷被起诉，若名义股东未履行出资义务，则可能需个人承担部分债务。
- 公司债务风险：在特定情形下，如股东滥用公司法人独立地位和有限责任逃避债务，员工可能需要承担连带责任。这通常发生在公司财产与股东财产混同的情况下。
提交虚假材料或隐瞒信息的风险：
- 员工在办理营业执照过程中，如提交虚假材料或隐瞒重要信息，将触犯法律并面临法律追究。这可能导致员工被罚款、拘留甚至承担刑事责任。
协助公司违规操作的风险：
- 员工明知公司未办理营业执照仍继续工作并协助违规操作，也将承担相应的法律责任。这包括但不限于行政处罚和民事赔偿。
二、公司合规问题与员工权益影响
公司面临的行政处罚：
- 未按规定办理营业执照或违规代办，公司将面临罚款、停业整顿等行政处罚。这不仅会损害公司的信誉和声誉，还可能影响公司的正常运营。
员工权益受损：
- 个人信息被侵犯：员工在不知情或不同意的情况下被要求办理营业执照，构成对个人信息的侵犯。员工有权要求公司停止侵权行为并赔偿损失。
- 个人信用记录受损：办理虚假营业执照将对员工的个人信用记录产生不良影响，影响未来贷款、信用卡申请等。这可能导致员工在金融活动中受到限制。
- 职业声誉损害：一旦事情被揭露，员工可能面临法律责任和职业声誉的损害，影响其职业发展。这可能导致员工在求职或晋升过程中受到歧视或排斥。
三、其他潜在风险
信用风险：
- 公司经营异常或被列入失信名单，将影响登记人员的个人信用，进而影响其个人生活和工作。例如，员工可能因公司失信而无法乘坐高铁、飞机等交通工具。
时间与精力投入：
- 办理营业执照需要投入时间和精力，可能影响员工的本职工作，进而对公司的运营产生影响。这可能导致员工工作效率下降或错过重要工作机会。
内部管理和信任危机：
- 这种做法可能导致公司内部管理混乱，员工之间产生不信任感，影响团队的凝聚力和工作效率。长期来看，这可能对公司的稳定和发展造成不利影响。
建议与措施
- 公司应严格依法办事：按照法律规定和程序办理营业执照，避免让员工承担不必要的法律责任和风险。公司应设立专门的法务部门或咨询专业律师，确保公司运营合规。
- 员工应了解自身权益：对于不合理的要求要敢于拒绝，并及时咨询专业律师以获取准确的法律指导。员工应保留相关证据，以便在必要时维护自己的合法权益。
- 加强内部管理：建立健全的公司管理制度，确保公司运营合规，保护员工合法权益。公司应定期对员工进行法律培训，提高员工的法律意识和风险防范能力。
综上所述，老板让员工办理营业执照的做法存在诸多风险，需谨慎对待并采取有效措施加以防范。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。