协议签名字后又涂了，协议是否还有效，需根据具体情况综合判断。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、双方意思表示
达成共识：
- 若双方当事人一致同意涂抹签名，并有证据证明双方仍认可合同内容和效力（如聊天记录、邮件往来等），则合同依然有效。因为合同本质基于双方意思自治，形式瑕疵可弥补。例如，双方可能因某些原因需要暂时隐藏签名，但双方对合同内容无异议，且后续有实际履行行为，此时合同应视为有效。
缺乏共识：
- 若一方擅自涂抹签名，另一方提出异议，则合同可能无效。签名是当事人对合同内容的确认，擅自涂抹破坏这种确认，使对方有权质疑合同真实性。例如，一方在签署合同后，未经对方同意擅自涂抹签名，并试图否认合同内容，此时合同效力将受到严重影响。
二、合同内容合法性
- 合同内容必须合法，不得违反法律法规强制性规定，不得损害国家利益、社会公共利益和他人合法权益。若合同内容违法，即使签名未被涂抹，合同也将自始无效。因此，在判断合同效力时，需首先审查合同内容是否合法。
三、主体资格
- 签订合同当事人需具有相应民事行为能力。无民事行为能力人签订的合同无效；限制民事行为能力人签订的不相适应合同，未经法定代理人追认也无效。若签名被涂抹导致无法确定合同主体，且无法通过其他证据明确主体身份，则合同可能因主体不明确而无效。
四、实际履行情况
- 在司法实践中，法院会考虑合同履行情况。若双方已按合同约定实际履行主要义务（如交付货物、支付货款），即使签名被涂抹，法院也可能认定合同生效。因为实际履行行为表明双方对合同内容无异议，且愿意按照合同约定履行义务。
五、其他证据
- 当签名被涂抹导致合同效力存疑时，可依靠其他证据来证明合同真实性或双方履行意愿。这些证据包括但不限于聊天记录、邮件往来、交易记录、证人证言等。例如，双方在签署合同后，通过邮件往来确认了合同内容，并实际履行了部分义务，此时即使签名被涂抹，合同仍可能因其他证据的存在而有效。
六、法律责任
- 若关键信息如签名被故意涂抹或篡改，可能导致合同无效，甚至引发法律责任追究。因此，对合同任何改动应谨慎处理，必要时可寻求法律帮助以确保自身权益得到妥善保护。
建议与总结：
- 在处理此类问题时，应充分考虑双方意思表示、合同内容合法性、主体资格及实际履行情况等因素，并尽可能收集相关证据以支持自己的主张。
- 若协议已经存在涂改，应尽快与对方协商并采取适当的补救措施，如重新签署一份新的协议或在涂改处签字、盖章确认等，以确保合同的合法有效性。
- 若遇到复杂的法律问题或纠纷，可直接向我咨询，我将根据具体情况提供专业的法律建议和帮助。