结论：邻居恶意让停工是否合法，需根据纠纷的具体性质、影响及解决方案来判断。若纠纷涉及严重安全隐患或违反规划等合法权益，邻居的要求可能具有合理性；若只是一般性邻里矛盾且不影响重大安全和权益，或责任明确在邻居一方，则邻居的要求可能不合法。
具体分析：
建议停工（邻居要求合法）的情况：
- 存在严重安全隐患：若施工可能对邻居房屋结构安全、人身安全构成严重威胁，如导致墙体开裂、地基下沉等，邻居有权要求停工以保障生命财产安全。此时，应停工处理，并寻求专业机构进行安全评估，根据评估结果采取相应措施。
- 违反规划等合法权益：若建房违反了当地规划要求，影响到邻居的合法采光、通风、通行等权益，且邻居已向相关部门反映并介入调查，相关部门可能会要求停工。此时，应遵守相关部门的要求，等待处理结果。违规建设可能面临整改甚至拆除风险，继续施工可能造成更大损失。
不一定需要停工（邻居要求可能不合法）的情况：
- 一般性邻里矛盾：对于一些关于建房施工时间、轻微噪音等一般性矛盾，不涉及重大安全和合法权益问题，双方可通过友好协商或基层调解组织调解解决。在协商调解过程中，可采取调整施工时间、采取降噪措施等方式减少对邻居的影响，继续施工。例如，邻居抱怨施工噪音影响休息，经沟通后，施工方同意合理调整施工时段，避开居民休息时间，此时可不停工。
- 纠纷责任明确且不影响后续建设：若纠纷原因清晰，责任明确在邻居一方无理取闹，且不会对房屋建设的合法性、安全性等造成实质影响，同时建房方有充分证据和理由支持继续施工，可不选择停工。但建房方应保留好相关证据，以防矛盾升级。例如，邻居以风水为由阻拦正常施工，而建房完全符合规划和安全要求，此时建房方可在做好沟通解释后继续施工。
法律建议：
- 在处理与邻居的纠纷时，应首先判断纠纷的性质和影响。对于涉及严重安全隐患或违反规划等合法权益的纠纷，应及时停工并寻求解决方案，如与邻居协商、向相关部门反映或寻求法律援助。
- 对于一般性邻里矛盾或责任明确的纠纷，则可通过协商调解等方式解决，并在采取相应措施减少对邻居影响的情况下继续施工。同时，保留好相关证据，以防矛盾升级或需要法律维权。
- 与邻居保持良好的沟通和关系至关重要。在施工前，可与邻居进行充分沟通，了解他们的关切和需求，并尽量采取措施减少对他们的影响。这样有助于避免纠纷的发生，确保施工的顺利进行。
可能法律后果：
- 若因施工导致邻居房屋结构安全、人身安全受到损害，建房方可能需要承担赔偿责任，甚至可能面临刑事责任。
- 若建房违反规划要求，可能会面临整改、罚款甚至拆除等行政处罚。
- 若与邻居的纠纷无法通过协商调解解决，可能需要通过法律途径解决，这将耗费双方的时间和精力，并可能产生额外的法律费用。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。