核心结论：资质升级协议中甲方委托乙方办理的合同被认定无效后，双方应首先停止履行合同义务，并根据无效原因及过错程度承担相应责任，同时可通过协商、诉讼或仲裁等方式解决后续争议。以下是具体处理步骤及法律依据：

1. 立即停止履行合同义务

• 法律依据：根据《民法典》第155条，无效的民事法律行为自始没有法律约束力。双方应立即停止基于该合同的所有行为，包括但不限于资金支付、资质申报材料提交等，避免损失扩大。
• 操作建议：甲方应书面通知乙方终止合作，并留存通知证据（如邮件、短信、录音等）；乙方应停止一切代理行为，并返还已收取的甲方资料或款项。

2. 分析合同无效原因及过错方

• 常见无效情形：
  • 主体不适格：如乙方不具备代理资质升级的法定资质（如未取得相关行政许可）；
  • 内容违法：如合同约定通过虚假材料、贿赂等非法手段办理资质升级；
  • 违背公序良俗：如合同目的涉及损害公共利益；
  • 恶意串通：如甲乙双方合谋欺骗监管部门。
• 过错划分：根据《民法典》第157条，若一方存在过错（如乙方故意隐瞒无资质事实），应赔偿对方因此遭受的损失；若双方均有过错，则各自承担相应责任。

3. 协商或诉讼/仲裁解决争议

• 协商解决：
  • 双方可就合同无效后的后果（如已支付费用的返还、已开展工作的补偿等）进行协商，并签订书面和解协议。
  • 优势：效率高、成本低，避免诉讼风险。
• 诉讼/仲裁：
  • 若协商不成，任何一方可向法院起诉或依据合同中的仲裁条款申请仲裁。
  • 关键证据：合同文本、付款凭证、沟通记录、资质申报材料、行政机关处罚决定（如有）等。
  • 诉讼请求：可包括返还财产、赔偿损失、确认合同无效等。

4. 处理已产生的法律后果

• 行政责任：若合同无效涉及违法行为（如伪造材料），双方可能面临行政处罚（如罚款、吊销现有资质等），需配合监管部门调查并承担相应责任。
• 刑事责任：若行为构成犯罪（如行贿罪、伪造国家机关公文罪），可能被追究刑事责任，需立即委托刑事律师介入。

5. 预防未来风险

• 甲方：在委托前应核查乙方资质（如通过官方渠道查询其是否具备代理资质升级的许可），并在合同中明确约定违约责任及争议解决方式。
• 乙方：应确保自身具备合法经营资质，避免承接超出能力范围的业务，并在合同中设置免责条款（如因甲方提供虚假材料导致合同无效的，乙方不承担责任）。

温馨提示：合同无效后的处理需结合具体案情分析，建议双方在处理前咨询专业律师，制定针对性方案。若您有进一步问题或需要协助起草法律文件，可直接向我提问。