结论：个体工商户通过微信发放工资本身不违法，但需满足特定条件并注意合规风险。 以下是具体分析：

1. 法律未禁止微信发工资，但需满足形式要件
   根据《工资支付暂行规定》第五条，工资应当以法定货币支付，不得以实物及有价证券替代。微信转账属于电子支付方式，本质仍是货币支付，法律未禁止通过微信发放工资。但需注意：

   • 必须通过实名认证的微信账户转账，确保能追溯到支付主体（如个体工商户经营者本人或授权账户）；
     
   • 需保留完整的转账记录，包括金额、时间、对方账户信息等，作为工资发放的凭证。

2. 需配合书面工资记录，避免纠纷风险
   根据《劳动保障监察条例》第十七条，用人单位（包括个体工商户）需书面记录工资支付情况，并保存两年以上备查。若仅通过微信发工资但未制作书面工资表（如员工签名确认的工资条），可能面临以下风险：

   • 员工否认收到工资时，个体工商户需承担举证责任，微信转账记录可能因缺乏辅助证据（如工资构成说明）被质疑；
     
   • 在劳动争议中，若无法提供完整工资记录，可能被认定为未足额支付工资，需补发差额并支付经济补偿。

3. 税务合规是关键
   个体工商户通过微信发工资时，需确保：

   • 代扣代缴个人所得税：无论通过何种方式支付工资，均需按《个人所得税法》规定预扣预缴个税，并在次月15日前申报缴纳；
     
   • 避免隐匿收入：若通过微信发放部分工资以逃避个税或社保缴费，可能涉嫌偷税漏税，面临税务处罚（如补缴税款、滞纳金、罚款，情节严重可能构成逃税罪）。

建议操作：

• 优先通过银行代发工资，自动生成工资流水和个税申报记录；
  
• 若选择微信发工资，需同步制作书面工资表（含员工签名、工资构成、发放时间等），并与微信转账记录一并保存；
  
• 定期核对微信转账记录与个税申报数据，确保一致。
  

如有其他用工管理或税务合规问题，可直接向我咨询。