针对您提出的“农村邻居占天不占地是否合法以及该怎么办”的问题，我将结合相关法律法规和实际操作流程，为您提供一个清晰、详细且有深度的解答。
首先，关于“占天不占地”的合法性：
在农村土地管理中，“占天不占地”这一说法并不具有明确的法律定义。通常，土地的使用权和所有权是明确界定的，包括土地的地面、地下以及上空（在一定高度范围内，通常与土地用途和规划相关）。如果邻居的行为确实涉及到了您土地上空的权益，比如搭建了影响您采光、通风或存在安全隐患的建筑物，那么这种行为可能是不合法的，因为它可能侵犯了您的相邻权或土地使用权。
接下来，针对这种情况，您可以采取以下措施：
双方协商解决：
- 主动沟通：首先，尝试与邻居进行友好沟通，明确表达您的担忧和权益受到的影响，要求对方停止可能侵犯您权益的行为，并协商解决方案。
- 寻求第三方调解：如果直接沟通效果不佳，可以邀请村里有威望的长辈、村民委员会或其他中立调解机构介入，帮助双方更好地沟通，分析问题，并提出合理的解决方案。
申请政府部门处理：
- 向乡镇人民政府或街道办事处反映：根据《中华人民共和国土地管理法》的相关规定，您可以向乡镇人民政府或街道办事处的相关部门提交书面材料，详细说明情况，请求他们进行调查和处理。
- 向县级以上自然资源主管部门举报：如果邻居的行为涉及违法用地或违反规划，比如未经批准擅自搭建建筑物，您应向县级以上自然资源主管部门举报，该部门有权对土地违法行为进行查处。
法律诉讼途径：
- 提起民事诉讼：如果协商和政府部门处理均无法解决问题，您可以准备充分证据（如土地权属证明、占地或影响上空的照片、视频、证人证言等）向人民法院提起民事诉讼，要求邻居停止侵权行为，恢复原状，并赔偿因侵权行为造成的损失。
- 提起行政诉讼：如果您对政府部门的处理决定不服，认为其未依法履行职责或处理结果不公正，您可以在规定期限内向上一级人民政府或人民法院提起行政诉讼。
最后，注意事项：
- 在整个过程中，务必保持冷静和理性，避免采取过激行为，以免激化矛盾。
- 收集证据时，要确保证据的合法性、真实性和关联性，以便在协商、调解或诉讼中有效维护自己的权益。
- 如需法律援助或专业建议，可咨询专业律师，他们能够提供更具体的指导和帮助。
综上所述，面对邻居“占天不占地”可能侵犯您权益的情况，您应优先通过协商和调解解决；若协商无果，则可依法向政府部门申请处理或采取法律诉讼途径来维护自己的合法权益。在整个过程中，务必保持冷静、理性，并确保所有行为的合法合规性。