结论：新摩托车在店二年后才售出是否要付违约金，这主要取决于购车合同中的具体约定以及是否存在法定违约情形。以下从不同角度进行分析：
一、合同约定角度
合同中有明确约定：
- 如果购车合同中明确规定了摩托车的交付时间，并且约定了逾期交付的违约金条款，那么当摩托车在店二年后才售出（即逾期交付）时，购车方有权要求销售方按照合同约定支付违约金。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》第五百八十五条，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。
合同中没有明确约定：
- 如果购车合同中没有明确规定交付时间或违约金条款，那么购车方通常不能直接要求销售方支付违约金。但在此情况下，如果销售方的逾期交付行为给购车方造成了实际损失，购车方可以要求销售方赔偿损失。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》第五百七十七条，当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。
二、法定违约情形角度
- 即使合同中没有明确约定违约金条款，但如果销售方的行为构成了法定违约情形（如欺诈、恶意拖延等），购车方仍然有权要求销售方承担违约责任，包括赔偿损失等。不过，这种情况下是否涉及“违约金”的支付，需根据具体案情和法律规定来判断。
- 特别提示：在车辆买卖纠纷中，如果销售方存在欺诈行为（如隐瞒车辆真实情况、虚构车辆信息等），购车方还可以根据《中华人民共和国消费者权益保护法》的相关规定，要求销售方承担惩罚性赔偿责任。
三、实际操作建议
- 审查合同：首先，购车方应仔细审查购车合同，查看是否有关于交付时间和违约金的明确约定。
- 协商沟通：如果合同中有约定或存在争议，购车方应与销售方进行协商沟通，尝试通过友好方式解决纠纷。
- 寻求法律帮助：如果协商无果，购车方可以寻求法律帮助，包括咨询专业律师或向消费者协会、市场监管部门等投诉举报。
- 提起诉讼：在必要时，购车方还可以向人民法院提起诉讼，要求销售方承担违约责任并赔偿损失。
总结：新摩托车在店二年后才售出是否要付违约金，需根据购车合同的具体约定以及是否存在法定违约情形来判断。如果合同中有明确约定且销售方构成违约，购车方有权要求支付违约金；如果合同中没有约定或存在争议，购车方应通过协商、法律帮助或诉讼等途径来维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。