在处理诉讼时效已过的案件时，法院的处理方式会综合考虑案件的具体情况、法律程序阶段以及当事人的抗辩。以下是对此问题的详细解析：
一、法院处理的基本原则
诉讼时效是影响案件胜诉权的重要因素，但它并非案件受理的先决条件。即使案件超过诉讼时效，只要符合立案条件，法院仍会受理。不过，受理后法院可能会提示当事人关于诉讼时效的风险，以便其了解可能面临的法律后果。
二、法院处理的具体流程
受理阶段：
- 法院在接到起诉状时，会进行初步审查，主要关注起诉是否满足基本的形式要求，如原告资格、被告明确性、诉讼请求和事实依据的具体性，以及案件是否属于法院受案范围和管辖等。只要这些条件符合，法院通常会予以登记立案，不会直接因诉讼时效已过而拒绝受理。
审理阶段：
- 被告未提出时效抗辩：如果被告在诉讼过程中未就诉讼时效问题提出抗辩，法院不会主动审查并适用诉讼时效规定进行裁判。此时，案件将按照正常程序进行审理，法院会依据双方提供的证据和相关法律规定作出判决。
- 被告提出时效抗辩：一旦被告提出原告的起诉已超过法定诉讼时效期间的抗辩，法院将对此进行仔细审查。审查内容包括核对相关时间节点，判断是否存在诉讼时效中止、中断等法定情形。若经审查确认原告的起诉确实超过了法定的诉讼时效，且不存在上述法定情形，法院将判决驳回原告的诉讼请求。这是因为超过诉讼时效意味着原告丧失了通过诉讼程序获得司法救济的胜诉权。
特殊情形的考量：
- 自愿履行：如果义务人在诉讼时效期间届满后自愿履行了义务，那么之后不得以诉讼时效届满为由进行抗辩，已履行的部分也不得请求返还。
- 新证据或新事实：如果当事人在诉讼过程中提出了新的证据或事实，这些证据或事实足以影响诉讼时效的认定，那么法院可以重新审查和认定诉讼时效问题。
三、特殊情况的处理
- 某些特定类型的案件，如请求停止侵害、排除妨碍、消除危险，不动产物权和登记的动产物权权利人请求返还财产，以及请求支付抚养费、赡养费或扶养费等，不受诉讼时效的限制。这些案件的诉讼请求即使超过诉讼时效，仍可能得到法院的支持。
- 如果存在特殊情况导致超过诉讼时效是合理的，例如因不可抗力或其他不属于原告自身原因耽误起诉期限的，被耽误的时间不计算在起诉期限内。原告可以在障碍消除后十日内申请延长期限，是否准许由人民法院决定。
四、当事人的应对策略
- 作为被告：如果发现案件已超过诉讼时效，应及时提出抗辩，以争取有利地位。在提出抗辩时，应提供充分的证据来支持自己的主张。
- 作为原告：如果面临败诉风险，可以考虑和解或调解等方式来降低时间和经济成本。同时，也可以积极寻找新的证据或事实来支持自己的诉讼请求，以争取法院的支持。
五、总结与建议
在处理超过诉讼时效的案件时，当事人应充分了解诉讼时效的规定及其例外情况，根据案件的具体情况和自身需求制定合理的应对策略。同时，法院也将根据法律规定和案件实际情况进行审查和处理，确保公正、合法地解决纠纷。如果当事人对诉讼时效问题存在疑问或不确定如何应对，建议及时咨询专业律师以获取更具体的法律建议。