结论：法人账户转账备注工资，拖欠工资后仍然可以起诉公司（法人组织），但一般不能直接起诉法定代表人个人，除非法定代表人存在特定过错或法律规定的特殊情形。以下从不同角度详细分析：
一、从法律主体角度分析
公司（法人组织）的法律责任：
- 公司作为独立的法律主体，应当承担支付员工工资的法定义务。当公司拖欠工资时，员工有权依据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，向公司主张权利，包括要求支付拖欠的工资、经济补偿金等。
- 在这种情况下，员工应当起诉的是公司，而不是公司的法定代表人个人。因为法定代表人只是公司的代表，其职务行为产生的法律后果由公司承担。
法定代表人的法律责任：
- 法定代表人作为公司的代表，在职务范围内行使职权，一般不对公司的债务承担个人责任。但是，如果法定代表人存在滥用职权、侵占公司财产等违法行为，导致公司无法支付员工工资，那么法定代表人可能需要承担相应的法律责任。
- 在这种情况下，员工可以依据相关法律规定，向法院提起诉讼，要求法定代表人承担连带责任或赔偿责任。但这需要员工提供充分的证据证明法定代表人的过错行为与公司拖欠工资之间存在因果关系。
二、从转账备注角度分析
- 法人账户转账备注工资，这一行为本身并不能改变公司作为支付工资的法律主体的地位。转账备注只是双方交易的一种记录方式，它证明了公司曾经向员工支付过工资，但并不能证明公司现在或将来会继续支付工资。
- 当公司拖欠工资时，员工不能仅凭转账备注就要求法定代表人个人承担支付工资的责任。因为转账备注只是交易记录的一部分，它不能替代法律规定的支付义务和责任主体。
三、从实际操作角度分析
起诉公司的流程：
- 员工应当首先收集相关证据，如劳动合同、工资条、转账记录等，以证明公司拖欠工资的事实。
- 然后，员工可以向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求公司支付拖欠的工资和经济补偿金。
- 如果仲裁结果不满意，员工还可以向法院提起诉讼，要求公司承担法律责任。
起诉法定代表人的特殊情况：
- 如前所述，只有在法定代表人存在特定过错或法律规定的特殊情形下，员工才能起诉法定代表人个人。
- 在这种情况下，员工需要提供充分的证据证明法定代表人的过错行为与公司拖欠工资之间存在因果关系，并且需要符合法律规定的起诉条件。
建议：如果您遇到了公司拖欠工资的情况，建议您首先与公司协商解决；如果协商无果，您可以向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向法院提起诉讼。在处理此类纠纷时，请务必保留好相关证据，如劳动合同、工资条、转账记录等，以便在需要时提供证明。如果您对具体操作流程或法律责任有疑问，可以直接向我咨询。