结论是：建设单位和总承包单位签合同，然后总承包单位和施工单位签合同，这种做法在法律上是合法的，但具体合法性还需根据合同内容、签订程序以及相关法律法规的具体规定来判断。以下从几个角度进行详细分析：

一、合同关系的合法性基础

1. 合同自由原则：

   • 在民事法律关系中，合同自由是一项基本原则。建设单位有权选择总承包单位，总承包单位也有权选择施工单位，并分别与他们签订合同。只要合同内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，就是合法的。

2. 合同相对性原则：

   • 合同具有相对性，即合同只对签订合同的双方当事人产生法律约束力。建设单位与总承包单位之间的合同，以及总承包单位与施工单位之间的合同，是两个独立的合同关系。它们各自独立存在，互不影响。

二、合法性的具体判断

1. 合同内容合法性：

   • 合同内容必须合法，不得违反法律、行政法规的强制性规定。例如，合同中不得约定违法分包、转包等条款。如果合同内容存在违法情形，那么该合同可能被认定为无效。

2. 签订程序合法性：

   • 合同的签订程序也必须合法。例如，签订合同的双方法定代表人或授权代表必须具备签订合同的资格；合同必须采用书面形式（除非法律另有规定）；合同必须经过双方当事人签字或盖章等。如果签订程序存在违法情形，也可能影响合同的效力。

3. 相关法律法规的具体规定：

   • 在建设工程领域，有一些特定的法律法规对合同的签订和履行进行了规范。例如，《中华人民共和国建筑法》、《中华人民共和国招标投标法》等。在判断建设单位、总承包单位和施工单位之间的合同关系是否合法时，需要参考这些法律法规的具体规定。

三、实际操作中的注意事项

1. 明确合同主体和权利义务：

   • 在签订合同时，必须明确合同主体和各自的权利义务。建设单位、总承包单位和施工单位应该清楚自己在合同中的地位和作用，以及需要承担的责任和享有的权利。

2. 避免违法分包和转包：

   • 在建设工程领域，违法分包和转包是常见的违法行为。建设单位和总承包单位在签订合同时，应该明确禁止违法分包和转包的行为，并在合同中约定相应的违约责任。

3. 加强合同管理和履行监督：

   • 在合同履行过程中，建设单位、总承包单位和施工单位应该加强合同管理和履行监督。确保合同按照约定履行，及时解决合同履行过程中出现的问题和纠纷。

建议：在实际操作中，如果建设单位、总承包单位和施工单位对合同关系的合法性存在疑问或担忧，可以咨询专业律师或相关机构进行法律审查和风险评估。以确保合同关系的合法性和稳定性。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。