殡葬管理中心与公司签订的墓地经营协议，其性质需根据具体协议内容、签订目的及双方权利义务关系等多方面因素综合判断，但一般更倾向于认定为民事合同，而非行政协议。以下从多个角度进行分析：
一、行政协议与民事合同的区别
主体不同：
- 行政协议：一方为行政机关，另一方为公民、法人或其他组织。
- 民事合同：双方均为平等主体的公民、法人或其他组织。
目的不同：
- 行政协议：旨在实现行政管理目标，如公共设施建设、公共服务提供等。
- 民事合同：旨在实现双方的经济利益或其他民事权益，如买卖、租赁、服务等。
内容不同：
- 行政协议：通常包含行政机关的行政职权行使，如行政许可、行政处罚等。
- 民事合同：主要涉及双方的权利义务关系，如支付价款、提供服务等。
法律适用不同：
- 行政协议：适用行政法及相关法规，如《中华人民共和国行政诉讼法》等。
- 民事合同：适用民法及相关法规，如《中华人民共和国民法典》等。
二、墓地经营协议的性质分析
主体方面：
- 若殡葬管理中心为行政机关或受行政机关委托行使行政管理职能的机构，而公司为平等主体的法人或其他组织，则主体方面符合行政协议的特征。但需注意，殡葬管理中心通常并非典型的行政机关，而是提供殡葬服务的专业机构。
目的方面：
- 墓地经营协议的主要目的通常是明确双方在墓地建设、管理、运营等方面的权利义务关系，以实现墓地的有效利用和殡葬服务的提供。这一目的更侧重于经济利益和服务提供，而非行政管理目标的实现。
内容方面：
- 墓地经营协议的内容主要涉及墓地的规划、建设、管理、维护、使用等具体事项，以及双方在这些事项上的权利义务关系。这些内容更侧重于民事权益的调整，而非行政职权的行使。
法律适用方面：
- 墓地经营协议在履行过程中发生的争议，通常通过民事诉讼途径解决，适用《中华人民共和国民法典》等相关民事法规。这进一步表明其更倾向于民事合同的性质。
三、特殊情况下的行政协议认定
尽管墓地经营协议一般更倾向于认定为民事合同，但在某些特殊情况下，如殡葬管理中心在协议中行使了行政职权（如行政许可、行政处罚等），或者协议的目的与行政管理目标密切相关（如公共墓地的建设和管理），则可能被认定为行政协议。然而，这种情况相对较少见，且需要具体协议内容、签订目的及双方权利义务关系等多方面因素的综合判断。
四、法律建议
明确协议性质：
- 在签订墓地经营协议前，双方应明确协议的性质，以便在履行过程中正确适用法律、解决争议。
详细约定条款：
- 无论协议性质如何，双方均应详细约定协议条款，包括墓地的具体位置、面积、使用期限、价款及支付方式、双方的权利义务、违约责任等，以确保协议的合法性和有效性。
咨询专业律师：
- 若对协议性质或条款存在疑问，建议咨询专业律师，以便获得更准确的法律意见和指导。
综上所述，殡葬管理中心与公司签订的墓地经营协议一般更倾向于认定为民事合同。然而，具体协议性质需根据协议内容、签订目的及双方权利义务关系等多方面因素综合判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。