关于涉农土地手续改变土地用途的问题，这是一个涉及法律程序和政策规定的复杂过程。以下是我为您详细梳理的办理流程和注意事项：
一、明确变更类型与前提
首先，您需要明确想要变更的土地用途类型，比如是农用地转为建设用地、耕地变为其他农用地（如林地、草地等），还是集体建设用地用途的变更。每种变更类型都有其特定的法律程序和要求。同时，务必确认拟变更的土地用途与当地的土地利用总体规划和城乡规划要求相符，这是变更申请能够获得批准的前提。
二、农用地转为建设用地流程
- 申请：建设单位需持建设项目的有关批准文件，向市、县人民政府自然资源主管部门提出建设用地申请。
- 拟订方案：自然资源主管部门审查申请后，会拟订农用地转用方案、补充耕地方案等，详细说明土地的位置、面积、用途等信息。
- 逐级上报审批：方案经市、县人民政府审核同意后，根据土地类型逐级上报至国务院或省、自治区、直辖市人民政府批准。
- 实施：经批准后，由市、县人民政府组织实施土地征收补偿、安置等工作，并向建设单位颁发建设用地批准书。
三、耕地变为其他农用地流程
- 一般情况：向农村集体经济组织或村民委员会提出申请，经其同意后报乡（镇）人民政府备案。例如，耕地改种果树就需遵循此程序。
- 特殊情况：如果涉及基本农田，那么变更将受到严格限制。基本农田只能用于粮、棉、油、蔬菜等种植业生产，严禁任何破坏活动或擅自改变用途。
四、集体建设用地用途变更流程
- 申请：土地使用者向县级以上人民政府自然资源主管部门提出土地用途变更申请，并提交相关材料，如土地使用证、规划许可证等。
- 规划审查：自然资源主管部门会同城乡规划等部门审查申请，确保变更后的用途符合土地利用总体规划和城乡规划要求。
- 批准：经审查符合条件的，报原批准用地的人民政府批准。如果涉及出让土地，还需与土地出让方协商并调整土地出让金。
- 登记：土地用途变更经批准后，土地使用者应到不动产登记机构办理土地变更登记手续，换发不动产权证书。
五、通用流程与注意事项
- 准备申请材料：包括土地使用证、土地出让合同、营业执照、法人身份证明、宗地图、项目立项批准文件等。部分情况下，还需提供环境影响评价报告、项目可行性研究报告等。
- 审核与听证：自然资源主管部门对申请材料进行初步审查，并派员实地勘查。必要时，会征求相关部门意见或举行听证会。
- 补缴土地出让金：如果变更用途后的土地价格高于原用途，可能需要补缴土地出让金差价。
- 签订补充协议：土地使用者与自然资源主管部门签订土地使用权出让合同补充协议，明确变更后的土地用途、使用年限等条款。
- 办理登记手续：持补充协议、土地出让金缴纳凭证等材料，向不动产登记机构申请土地用途变更登记。
六、专业咨询与指导
由于土地用途变更涉及多个环节和部门，且可能因具体情况和地方政策而异，因此我建议您在操作前咨询当地国土资源管理部门或专业律师，以获取准确信息和指导。
希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。