甲方作为善意取得虚开发票且已抵扣的，需补缴税款及滞纳金；若明知或应知发票虚开仍抵扣，则可能构成逃税罪或虚开发票罪共犯，需承担刑事责任。具体分析如下：

一、行政责任层面：补缴税款及滞纳金是基础义务

根据《税收征收管理法》第六十三条，纳税人通过虚开发票偷逃税款的，税务机关将追缴其不缴或少缴的税款、滞纳金，并处以不缴或少缴税款50%至5倍的罚款。即使甲方对乙方虚开发票行为不知情（善意取得），仍需补缴已抵扣的税款及滞纳金，但可免除罚款。
关键点：

1. 善意取得的认定：需同时满足以下条件：
   
   • 甲方与乙方存在真实交易；
     
   • 发票内容与交易一致（如货物名称、数量、金额等）；
     
   • 甲方不知乙方提供的发票为虚开（如无证据表明甲方明知或应知）。
     
2. 滞纳金计算：自税款缴纳期限届满次日起至实际补缴日止，按日加收万分之五。

二、刑事责任层面：区分主观明知程度

若甲方明知或应知乙方虚开发票仍抵扣，可能构成以下犯罪：

1. 逃税罪（《刑法》第二百零一条）：
   
   • 若甲方通过虚开发票逃避缴纳税款数额较大（通常为10万元以上）且占应纳税额10%以上，可能面临三年以下有期徒刑或拘役，并处罚金；
     
   • 数额巨大（通常为50万元以上）且占应纳税额30%以上，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。
     
2. 虚开发票罪共犯（《刑法》第二百零五条）：
   
   • 若甲方与乙方存在共同虚开发票的故意（如协商虚开金额、分工操作等），可能被认定为虚开发票罪的共犯，处二年以下有期徒刑、拘役或管制，并处罚金；
     
   • 情节严重（如虚开税款数额50万元以上）或特别严重（如250万元以上），分别处二至七年、七年以上有期徒刑，并处罚金。
     

关键点：

• 主观明知的认定需结合交易习惯、行业惯例、甲方尽职调查义务等综合判断。例如，若甲方长期与乙方合作，且乙方曾因虚开发票被处罚，甲方仍接受其发票，可能被推定为“应知”。
  
• 刑事立案标准：虚开税款数额需达到5万元以上，或造成国家税款损失1万元以上。

三、实务建议：降低风险的3个关键动作

1. 立即自查并补缴税款：若发现发票虚开，应第一时间向税务机关说明情况，主动补缴税款及滞纳金，避免行政处罚升级为刑事责任。
   
2. 固定证据证明善意：收集交易合同、付款凭证、物流单据等，证明与乙方的交易真实存在，且对虚开发票不知情。
   
3. 完善内部合规制度：建立供应商审核机制（如核查对方税务登记、历史涉税记录），要求对方提供发票时同步提供完税证明，降低接受虚开发票的风险。

总结：甲方是否承担责任及责任大小，核心取决于对虚开发票的“主观明知程度”。若完全不知情，仅需补税；若明知或应知，则可能面临行政罚款甚至刑事处罚。建议立即委托律师介入，通过法律程序最大限度维护权益。