运输公司开具加工费发票是否合法，需分情况讨论，关键在于业务实质与发票内容的匹配性。具体分析如下：

1. 若运输公司实际提供的是运输服务，但开具加工费发票，则不合法
   根据《发票管理办法》第二十二条，开具发票应按照实际经营业务内容如实开具，不得虚开与实际经营业务不符的发票。若运输公司仅提供运输服务（如货物运输、配送等），却开具“加工费”发票，属于“品名不符”的虚开发票行为，可能面临税务行政处罚（如罚款），情节严重的可能构成刑事犯罪（虚开发票罪）。

2. 若运输公司实际提供了加工服务（如货物改包装、分拣、组装等），且具备加工业务资质，则开具加工费发票合法
   若运输公司经营范围包含“加工服务”（需以营业执照登记为准），且实际业务为对货物进行物理或化学加工（如将原材料组装成成品、对货物进行分装等），则开具加工费发票符合法律规定。此时需注意：

   • 加工服务需与运输服务明确区分，避免混淆；
     
   • 合同、物流单据、加工记录等需能证明业务实质为加工而非运输；
     
   • 加工费金额应合理，与市场行情相符，避免被认定为“变相虚开”。

3. 若运输公司无加工资质但实际从事加工业务，开具加工费发票存在合规风险
   即使业务实质为加工，若公司营业执照未登记“加工”经营范围，可能因超范围经营被市场监管部门处罚，同时发票可能被认定为无效发票，导致购买方无法抵扣税款或面临税务风险。

建议：

• 对运输公司：开具发票前需严格核对业务实质与经营范围，避免虚开发票；若需拓展加工业务，应先办理经营范围变更登记。
  
• 对购买方：接收发票时需审核供应商资质及业务真实性，避免因接受不合规发票导致自身税务风险。
  

如有具体业务场景或合同条款需要分析，可进一步向我说明，我会结合细节提供更精准的建议。