公司通过微信发放工资，在符合一定条件下是合法的，但也存在需要注意的问题和潜在风险。以下是对此问题的详细分析：
合法性分析
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠。微信支付作为一种电子支付方式，其背后结算的仍然是人民币，因此从支付介质上来说，通过微信发工资并不违反以法定货币支付工资的要求。
- 同时，《中华人民共和国劳动合同法》及国内各省市地区发布的工资条例规定，用人单位应按时足额给员工发放工资，但并未明确规定具体支付方式。因此，若双方达成协议，且支付过程安全可追溯，微信发工资可视为合法。
双方协商一致：
- 如果公司与员工在劳动合同中明确约定了可以通过微信转账发放工资，并且在实际操作中能够确保工资的准确、及时发放，那么这种支付方式在法律上是被认可的。
需要注意的问题与潜在风险
举证困难：
- 微信转账记录虽然可以作为支付工资的凭证，但其法律效力相对较弱。在劳动争议中，可能难以证明该笔转账是工资及其具体构成、支付周期等关键信息。
- 建议：公司应保存完整的微信转账记录，并在转账时明确备注“工资”及对应月份等信息，同时考虑与银行转账记录相结合，以增强证据的法律效力。劳动者也应妥善保存相关聊天记录、转账截图等证据。
税务合规风险：
- 微信支付可能未完全纳入税务系统监管，存在隐瞒真实工资收入、少缴税款的嫌疑。
- 建议：公司应确保按照税法规定代扣代缴个人所得税，并及时向税务机关报送相关纳税资料，避免因税务问题引发的法律风险。
社保缴纳问题：
- 社保缴费基数通常根据员工工资收入确定。微信支付可能导致工资收入数据不透明，从而降低社保缴费基数，损害员工社保权益。
- 建议：公司应确保所有工资收入都透明化，并依法为员工缴纳社保费用，保障员工的社保权益。
系统故障与资金安全风险：
- 微信作为第三方平台，可能存在系统故障或网络延迟等问题，导致工资未能按时发放或出现错误。同时，微信支付也存在一定的资金安全风险，如账户被盗用、密码泄露等。
- 建议：公司应建立应急预案，确保在出现问题时能及时处理并恢复工资的正常发放。同时，加强微信账户的安全管理，定期更换密码，绑定安全手机等，确保资金安全。
合法合规性建议
明确合同约定：
- 在签订劳动合同时，双方应明确约定工资支付方式（包括微信支付）、支付时间等关键条款，以确保双方权益得到保障。
优先选择正规支付方式：
- 为确保税收及社保的合理处理，减少潜在风险，建议公司优先考虑通过正规银行渠道发放工资。若确实需要通过微信等电子支付方式发放工资，也应确保相关操作的合规性和可追溯性。
总结来说，公司通过微信发放工资在符合一定条件下是合法的，但公司应充分考虑其潜在的法律风险和管理问题，并采取相应的措施来确保合法合规地支付工资并保障双方权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。