水利部门一般不能直接处罚高标准农田建设项目参建单位，但在特定情形下具备处罚权，具体分析如下：

1. 一般情形下无直接处罚权
   高标准农田建设项目通常涉及农业综合开发、土地整治、农田水利建设等多领域，其参建单位（如设计、施工、监理等）的监管主体主要为农业农村部门、自然资源部门及财政部门。水利部门仅在项目涉及水利设施建设（如灌溉渠道、泵站等）时，对水利设施部分的质量、安全及合规性进行技术指导与监督，但不直接享有行政处罚权。若参建单位存在违法行为，水利部门通常需移交至有处罚权的部门（如农业农村局、市场监管局）处理。

2. 特定情形下具备处罚权
   若水利部门通过法律授权或地方性法规明确赋予其处罚权（例如，某省《高标准农田建设管理条例》规定水利部门对水利设施施工违规行为可处罚），则其可直接行使处罚权。处罚范围通常限于水利设施建设领域，包括但不限于：

   • 未按水利设计规范施工导致工程质量缺陷；
     
   • 擅自变更水利设施设计参数；
     
   • 违反水利安全操作规程引发事故隐患。
     处罚措施可能包括警告、罚款、责令整改、吊销水利施工资质等，具体依据地方性法规或部门规章确定。

3. 联合执法与移送机制
   实践中，高标准农田建设项目常采用“多部门联合监管”模式。若水利部门在检查中发现参建单位存在非水利领域的违法行为（如虚假投标、挪用资金），需将线索移送至农业农村、住建或审计部门，由其依据《招标投标法》《财政违法行为处罚处分条例》等法规处理。水利部门可参与联合执法，但处罚决定仍由主责部门作出。

建议：若参建单位收到水利部门的处罚通知，应首先核查处罚依据是否属于水利部门法定职权范围，并审查处罚程序是否合法（如是否告知陈述申辩权、是否举行听证）。如有异议，可依法申请行政复议或提起行政诉讼。具体操作可进一步向我咨询。