结论前置：在租赁合同超期的情况下，租金和违约金的合法计算方式应首先依据租赁合同的约定。若合同未明确约定，则租金一般可参照原租金标准或当地同类房屋的市场租金水平来计算，而违约金的计算则需考虑公平原则、市场行情及双方实际损失等因素。

详细分析：

1. 租赁合同有明确约定的情况：

   • 租金计算：如果租赁合同中明确规定了超出租赁期限后的租金计算方式，比如按照正常租金标准的1.5倍计算，或者每日/每月固定金额增加，那么应严格按照合同约定来执行。这种约定通常是为了约束承租人按时腾房，从而保障出租人的合法权益。
   • 违约金计算：同样，如果合同中明确规定了超期未支付房租的违约金计算方式，比如按超期天数计算（每天按租金的3%）、固定金额计算（如500元）或按超期租金比例计算（如超期租金的20%），则应依此执行。但需注意，违约金的约定应当合理，不能过高或过低，以免被法院认定为不合理而进行调整。

2. 合同无明确约定的情况：

   • 租金计算：若租赁合同没有相关约定，在合理的宽限期内（一般由双方协商确定或参考行业惯例），通常可以按照原租金标准计算。超出合理宽限期后，一般应参照原租金标准或当地同类房屋的市场租金水平来计算房屋占有使用费。例如，如果原租金为每月2000元，而当地同类房屋的市场租金为每月2500元，那么超出宽限期后，租金可能会按照2500元或双方协商的某个介于2000元和2500元之间的数额来计算。法院在审理相关纠纷时，会综合考虑房屋实际情况、当地租赁市场行情等因素，以公平合理的原则确定具体的费用数额。
   • 违约金计算：在合同未对违约金作出明确约定的情况下，其计算通常会考虑公平原则、市场行情以及双方的实际损失等因素。法院可能会根据具体情况进行判断和裁决，比如如果出租人因承租人超期占用房屋而遭受了实际损失（如无法及时出租给其他租客导致的租金损失），那么法院可能会根据这些损失来确定违约金的数额。

实际操作建议：

• 在出现超过租房时间的情况时，出租人和承租人应首先尝试友好协商，就房租计算方式和后续腾房事宜达成一致。这有助于避免不必要的法律纠纷和成本。
• 若协商不成，任何一方都可以通过向人民法院提起诉讼等法律途径来解决纠纷，维护自身合法权益。在诉讼过程中，双方应提供充分的证据来支持自己的主张。
• 为避免后续可能产生的纠纷，建议在签订租赁合同时就明确租金、违约金及相关条款的约定。这可以确保双方权益得到充分保障，并在发生纠纷时有明确的依据可循。

法律依据：

• 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，租赁期限届满，承租人应当返还租赁物。返还的租赁物应当符合按照约定或者根据租赁物的性质使用后的状态。如果承租人继续使用租赁物，出租人没有提出异议的，原租赁合同继续有效，但是租赁期限为不定期。在这种情况下，双方可以协商确定租金等条款；协商不成的，可以参照原合同或市场租金水平来确定。

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