在建设工程合同中，逾期付款违约金的计算标准通常依据合同约定、法律规定以及实际损失情况综合确定。以下是具体分析：

1. 合同约定优先
   若合同中明确约定了逾期付款违约金的计算方式（如按日万分之五、月利率2%等），则优先适用合同约定。但需注意：

   • 违约金过高（超过实际损失30%）的，违约方可请求法院或仲裁机构调整；
     
   • 违约金过低不足以弥补损失的，守约方可请求增加。
     示例：合同约定“逾期付款按日0.1%支付违约金”，若实际损失仅为LPR利率的1.5倍，法院可能酌情调减。

2. 法定标准补充适用
   若合同未约定或约定不明，可参照以下法定标准：

   • 《民法典》第584条：以违约造成的损失为基准，包括合同履行后可获利益；
     
   • 《保障中小企业款项支付条例》（如涉及中小企业）：
     
     • 逾期利息按每日万分之五计算；
       
     • 禁止约定逾期付款需以审计结果为条件（避免拖延付款）。
       示例：政府投资项目拖欠工程款，即使合同未约定违约金，也可主张LPR利率的1.5倍作为赔偿。

3. 实际损失证明关键
   无论合同约定或法定标准，守约方均需举证实际损失（如资金占用成本、融资利息、停工损失等）。建议：

   • 保留付款催告记录、融资合同、利息支付凭证等证据；
     
   • 逾期付款导致工期延误的，可一并主张工期索赔。
     示例：因发包方逾期付款导致承包方被迫贷款支付材料款，贷款利息可作为实际损失主张。

行动建议：

1. 立即审查合同条款，明确违约金计算方式；
   
2. 收集逾期付款证据（如催款函、付款记录、损失凭证）；
   
3. 若协商无果，尽快通过诉讼/仲裁主张权利，避免超过3年诉讼时效。
   

如有具体合同条款或案件细节需要分析，可直接向我提供材料，我会进一步为您计算合理违约金范围。