农药不合格的处罚部门主要取决于不合格的具体情形及造成的后果，但通常情况下，市场监督管理部门和农业农村部门是主要的处罚部门。以下从不同角度进行详细分析：
市场监督管理部门：
- 职责范围：市场监督管理部门负责市场监管综合执法工作，包括对生产、销售不合格产品的行为进行查处。对于农药这类涉及农业生产资料的产品，如果其质量不符合国家标准或行业标准，市场监督管理部门有权进行调查和处理。
- 处罚依据：根据《中华人民共和国产品质量法》的相关规定，生产、销售不符合保障人体健康和人身、财产安全的国家标准、行业标准的产品的，市场监督管理部门可以责令停止生产、销售，没收违法生产、销售的产品，并处违法生产、销售产品货值金额等值以上三倍以下的罚款；有违法所得的，并处没收违法所得；情节严重的，吊销营业执照；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
农业农村部门：
- 职责范围：农业农村部门负责农药的监督管理工作，包括农药的登记、生产、经营、使用等环节的监管。如果农药不合格涉及到农药的有效成分含量不足、含有禁用成分或假冒伪劣等问题，农业农村部门将依据相关法律法规进行处罚。
- 处罚依据：根据《农药管理条例》的相关规定，农药生产企业、经营者有生产、经营假农药、劣质农药等违法行为的，农业农村部门将依法给予警告、罚款、没收违法所得、吊销农药登记证或农药经营许可证等处罚；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
特殊情况说明：
- 如果农药不合格导致了严重的环境污染或人身伤害事故，那么环保部门或公安机关也可能介入调查和处理。环保部门将依据环境保护相关法律法规对环境污染行为进行处罚；公安机关则将对涉嫌犯罪的行为进行刑事立案侦查。
建议与提醒：
- 对于农药生产企业和经营者来说，应严格遵守国家相关法律法规和标准要求，确保农药产品的质量安全。
- 如果发现农药不合格或存在质量问题，应及时向相关部门报告并配合调查处理。
- 消费者在购买和使用农药时，也应选择正规渠道购买合格产品，并按照说明书正确使用，以避免不必要的损失和风险。
如有任何关于农药不合格处罚的具体问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。