农药不合格可以由市场监督管理局进行处罚。具体分析如下：
市场监督管理局的职责范围：市场监督管理局作为负责市场综合监督管理的部门，其职责包括对市场上的商品质量进行监管。农药作为一种特殊商品，其质量直接关系到农业生产安全和生态环境安全，因此属于市场监督管理局的监管范围。
法律依据：根据《中华人民共和国产品质量法》和《农药管理条例》等相关法律法规，生产、销售不合格农药的行为属于违法行为。市场监督管理局有权依据这些法律法规对违法行为进行查处，包括责令停止生产、销售，没收违法所得，并处以罚款等行政处罚。
处罚程序：市场监督管理局在发现农药不合格后，通常会进行立案调查，收集相关证据，确认违法行为的事实和性质。然后，根据违法行为的情节轻重和造成的后果，依法作出相应的行政处罚决定。
其他部门的协作：虽然市场监督管理局是主要的监管部门，但在某些情况下，如涉及农药的登记、使用等环节，农业部门等其他相关部门也会参与监管。然而，在农药质量不合格这一核心问题上，市场监督管理局仍然具有主要的处罚权。
建议：如果发现农药不合格的情况，可以向当地的市场监督管理局进行举报。市场监督管理局将依法进行调查处理，以维护市场秩序和消费者权益。如果对市场监督管理局的处罚决定有异议，也可以依法申请行政复议或提起行政诉讼。