保密协议盖合同章是有效的。以下从多个角度为你详细分析：
合同章的法律效力及适用性
法律依据：根据《中华人民共和国民法典》第四百九十条的规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。这一规定明确了盖章是合同成立的法定方式之一，且并未限定为特定类型的印章。因此，在保密协议上加盖合同章，完全能够体现企业订立保密协议的意愿，并使协议具备法律效力。
合同章的专门用途：合同章是企业专门用于签订合同的印章，具有代表企业签订合同的法律效力。在保密协议上加盖合同章，即表明企业对该保密协议内容的认可，使协议成立并具备法律效力。这种做法在商业实践中被广泛认可，是常见且合法的操作方式。
公章与合同章的选择
公章的法律效力：公章作为法人权利的象征，具有最高法律效力，代表公司整体意志。在涉及公司重大商业秘密、核心技术秘密或与公司整体运营和发展密切相关的敏感信息的保密协议上，加盖公章能凸显其重要性和严肃性。
合同章的适用性：合同章更常见于一般的商业合作、业务往来或员工入职等场景下的保密协议。这些协议通常基于具体的合同关系或雇佣关系产生，加盖合同章是恰当的做法。它表明公司与协议相对方就保密事项达成了具体的合同约定。
选择依据：企业在选择使用公章还是合同章时，应根据公司内部管理规定、具体业务情况及协议性质来决定。如果公司内部有特别规定要求在特定类型的文件上使用公章，或者协议中有特别约定需要使用特定印章的，那么应当按照相关规定或约定来执行。
确保保密协议有效性的关键要素
无论选择哪种印章，确保保密协议的有效性还需注意以下几点：
印章的真实性：确保使用的合同章或公章是经过合法备案且在有效期内的。若使用已作废、未经备案或伪造的印章，将可能影响协议的效力，甚至导致协议无效。
协议内容的合法性：保密协议的内容必须符合法律规定，不得违反法律法规的强制性规定。例如，协议中不能包含侵犯他人合法权益、违反公序良俗等条款。否则，即使协议盖章生效，也可能因内容违法而被认定为无效。
双方意愿的真实性：协议的签订必须是双方自愿、平等协商的结果，不存在欺诈、胁迫等违法情形。这是确保协议有效性的重要前提。
遵守法律程序：签订协议时应遵循法定的程序和形式要求，如确保签字盖章的真实性、完整性等。双方应当妥善保管好保密协议的原件，以便在需要时能够证明协议的存在和内容。
特殊情况下的处理建议
如果公司设有专门的保密协议专用章，盖用该章同样具有法律效力，且更能体现企业对保密事项的重视程度。此外，如果在签订保密协议过程中遇到任何疑问或不确定的情况，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供针对性的法律建议。
综上所述，保密协议上既可以盖公章也可以盖合同章，只要印章真实且合法授权使用，均能使协议具有法律效力。企业在选择印章时，应根据具体情况综合考虑，并确保协议内容的合法性、双方意愿的真实性以及遵守法律程序。