签保密协议时，盖合同专用章是可以的，且这种做法在商业实践中被广泛认可。以下是对此结论的详细解释及相关法律知识的梳理：
一、合同章使用的法律依据与实践
法律依据：根据《民法典》第四百九十条的规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。这一规定明确了盖章是合同成立的法定方式之一。保密协议作为合同的一种特殊形式，同样适用这一规定。因此，在保密协议上加盖合同章，即表明企业对该保密协议内容的认可，使协议成立并具备法律效力。
合同章的法律效力：合同章是企业专门用于签订合同的印章，具有代表企业签订合同的法律效力。在保密协议上加盖合同章，能够体现企业订立保密协议的意愿，并使协议具备法律效力。
实践中的情况：在商业实践中，使用合同章签订保密协议是常见且被广泛认可的做法。虽然有些企业可能有内部规定要求必须使用公章签订特定类型的合同或协议，但这更多是企业内部管理的要求，而非法律的强制性规定。因此，除非公司内部有特别规定或协议中有特别约定，否则使用合同章加盖保密协议是完全合法的。
二、确保保密协议有效性的注意事项
为了确保保密协议的有效性，除了正确盖章外，还需要注意以下几点：
确认合同章的真实性：在使用合同章时，务必确认其真实性，避免使用伪造或无效的印章。这可以通过比对公司备案的合同章样本或向相关部门查询等方式进行验证。
确保协议内容合法合规：保密协议的内容必须合法合规，不得违反相关法律法规的规定。例如，协议中不能包含侵犯他人合法权益、违反公序良俗等条款。否则，即使协议盖章生效，也可能因内容违法而被认定为无效。
妥善保管协议原件：双方应当妥善保管好保密协议的原件，以便在需要时能够证明协议的存在和内容。如果协议丢失或损毁，可能会给双方带来不必要的麻烦和损失。
三、特殊情况下的处理建议
虽然一般情况下使用合同章加盖保密协议是合法的，但在某些特殊情况下，可能需要根据公司的内部规定或协议的具体内容来确定是否可以盖章。例如：
此外，如果在签订保密协议过程中遇到任何疑问或不确定的情况，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供针对性的法律建议。
总结来说，签保密协议时盖合同专用章是可以的，但务必确保印章的真实性、协议内容的合法合规性，并妥善保管协议原件。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。