职务侵占案件的处理涉及多个主体和环节，具体由谁来处理需根据案件性质、管辖原则及处理程序综合判断。以下从不同角度为您详细分析：

一、职能管辖：不同主体在不同阶段的作用

1. 公安机关侦查
   职务侵占罪属于公诉案件，根据《中华人民共和国刑事诉讼法》及相关规定，当公司、企业或其他单位人员利用职务便利非法占有本单位财物且数额较大时，受害人应向公安机关报案。公安机关作为刑事侦查机关，将依法立案侦查，收集证据、查明事实。例如，若某公司员工通过伪造报销单据侵占公司资金，公安机关会调查资金流向、涉案人员关系等关键证据。

2. 人民检察院审查起诉
   公安机关侦查终结后，会将案件移送人民检察院审查。检察院需核实犯罪事实是否清楚、证据是否确实充分。若认为符合起诉条件，将向人民法院提起公诉；若认为证据不足或情节轻微，可作出不起诉决定。例如，若检察院发现公安机关取证程序违法，可能要求补充侦查或直接不起诉。

3. 人民法院审判
   法院负责审理职务侵占案件，根据事实和法律作出判决。若认定构成犯罪，将依法判处刑罚（如有期徒刑、罚金等）；若认定无罪，则释放被告人。例如，某员工被指控侵占100万元，法院经审理认为证据不足，最终判决无罪。

4. 非刑事案件的处理
   若职务侵占行为不构成犯罪（如数额未达立案标准），则可能通过民事诉讼或行政处罚处理：

   • 民事诉讼：公司可向法院起诉，要求员工返还财物并赔偿损失。
     
   • 行政处罚：若行为违反行政法规（如《治安管理处罚法》），公安机关可给予行政拘留或罚款。
     
   • 内部纪律处分：公司可依据规章制度对涉事员工进行警告、降职或解雇等处理。

二、地域管辖：不同地点公安机关的权限

1. 犯罪地管辖为主
   根据《公安机关办理刑事案件程序规定》，刑事案件由犯罪地的公安机关管辖。犯罪地包括犯罪行为发生地（如公司办公场所）和犯罪结果发生地（如资金被转移的银行所在地）。例如，若员工在北京公司办公场所伪造合同，但资金被转到上海账户，北京和上海公安机关均有管辖权。

2. 居住地管辖为辅
   若犯罪嫌疑人居住地的公安机关管辖更为适宜（如便于调查取证），可由其管辖。例如，员工户籍在广州且长期居住，但职务侵占行为发生在深圳，广州公安机关可能因调查便利被指定管辖。

3. 管辖争议解决
   若多个公安机关均有管辖权，由最初受理的机关管辖；必要时由主要犯罪地机关管辖。对管辖不明或有争议的案件，可由共同上级公安机关指定管辖。例如，若A市和B市公安机关对管辖权有争议，可由省级公安机关指定管辖。

三、报案与处理流程：具体操作步骤

1. 准备报案材料
   受害人或单位需提供初步证据（如转账记录、侵占行为证明）及书面报案材料，明确嫌疑人身份和犯罪事实。例如，公司需整理财务报表、银行流水、合同协议等证据。

2. 提交报案
   向有管辖权的公安机关经济犯罪侦查部门提交材料，配合制作询问笔录并签署相关法律文件。例如，若犯罪行为发生在北京，应向北京市公安局经侦支队报案。

3. 后续跟进

   • 查询进展：通过受案回执查询案件进展。
     
   • 补充证据：在补充侦查阶段及时提供新线索。
     
   • 了解结果：结案后通过法律文书（如判决书、不起诉决定书）了解处理结果。

四、综合建议：预防与应对措施

1. 加强内部管理
   公司应建立健全规章制度，明确财务审批流程、岗位权限等，预防职务侵占行为。例如，实行分级审批制度，限制单笔资金支出权限。

2. 及时咨询法律专业人士
   若发现职务侵占嫌疑，应尽快咨询律师，制定报案策略或民事诉讼方案。例如，律师可协助梳理证据链，提高报案成功率。

3. 保留关键证据
   公司应妥善保存财务记录、合同文件、通信记录等证据，避免因证据灭失影响案件处理。例如，电子数据需定期备份并加密存储。

职务侵占案件的处理需结合案件性质、管辖原则及处理程序综合判断。若您遇到相关问题，可直接向我咨询，我将根据具体情况为您提供专业建议。