国有土地上的违建问题，主要由自然资源部门（原国土资源管理部门）负责管理。以下是对这一问题的详细分析：

1. 自然资源部门（国土资源管理部门）的职责：

   • 主要职责：自然资源部门是土地资源统一管理和监督的主管部门，负责审查土地使用是否符合土地利用总体规划，并查处非法占用土地等违建行为。
   • 具体措施：对于国有土地上的违建，自然资源部门有权责令停止违法行为、限期拆除违法建筑，并恢复土地原状。例如，若有人在国有土地上擅自建设厂房、住宅等非规划用途的建筑，自然资源部门将依法介入处理。

2. 城乡规划部门的特定职责：

   • 特定职责：当违建行为涉及到城乡规划问题时，城乡规划部门也会参与处理。这通常发生在违建影响城市整体规划或乡村风貌的情况下，城乡规划部门可能要求拆除或整改违建。

3. 建设行政主管部门的职责：

   • 特定职责：对于未取得施工许可证或开工报告未经批准擅自施工的行为，建设行政主管部门将进行查处。这包括责令停止施工、限期改正，并处以罚款。虽然这一职责更多关联于施工许可和开工报告，但在违建处理中，若违建涉及未经批准的施工行为，建设行政主管部门也会介入。

4. 综合管理机制：

   • 多部门协作：国有土地上的违建问题往往涉及多个部门，需要自然资源部门、城乡规划部门、建设行政主管部门等共同协作处理。各部门根据各自的专业领域和职责范围，形成合力，确保违法建筑得到有效遏制和拆除。
   • 举报与咨询：公众如发现国有土地上的违法建筑，可向上述相关部门进行举报或咨询。各部门会根据具体情况给出相应的处理意见和措施，以保障土地资源的合理利用和城乡规划建设的顺利进行。

法律建议：

• 若您发现国有土地上存在违建行为，建议首先向自然资源部门举报，由其进行初步调查和处理。
• 若违建行为涉及城乡规划或施工许可问题，可同时向城乡规划部门或建设行政主管部门咨询或举报。
• 在处理违建问题时，请确保保留好相关证据，如照片、视频等，以便在需要时提供给相关部门作为处理依据。

可能后果：

• 对于违建行为，相关部门将依法进行查处，包括责令停止违法行为、限期拆除违法建筑、恢复土地原状等。
• 若违建行为情节严重，构成犯罪的，还将依法追究刑事责任。

希望以上分析能对您有所帮助。若您在国有土地违建问题上还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。