针对您提出的“交通事故伤残鉴定不是保险公司指定机构，保险公司不赔鉴定费怎么办”这一问题，以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们要明确的是，在交通事故中，伤残鉴定费通常应由保险公司赔偿。这一结论主要基于以下法律依据：
《中华人民共和国保险法》第六十四条：该条款明确规定，保险人、被保险人为查明和确定保险事故的性质、原因和保险标的的损失程度所支付的必要的、合理的费用，由保险人承担。伤残鉴定费正是为了确定保险事故（即交通事故）导致的伤残程度而支付的必要合理费用，因此应由保险公司承担。
《机动车交通事故责任强制保险条款》第八条：该条款将“死亡伤残赔偿限额”与“医疗费用赔偿限额”并列，伤残鉴定费作为确定伤残等级的必要支出，理应纳入交强险的赔付范围。
接下来，我们谈谈实践中的处理方式：
交强险优先赔付：根据《最高人民法院关于审理道路交通事故损害赔偿案件适用法律若干问题的解释》，伤残鉴定费应在交强险责任限额内优先赔偿。这意味着，如果您的交强险责任限额足够，那么伤残鉴定费将由交强险全额承担。
商业险的补充作用：如果交强险的责任限额不足以覆盖伤残鉴定费，或者您还投保了商业第三者责任险，且合同未明确排除该项费用，那么保险公司需按责任比例在商业险范围内承担剩余部分。但需要注意的是，部分保险合同可能约定间接损失不赔，如果遇到这种情况，您可能需要通过诉讼来主张自己的权利。
关于保险公司指定机构的问题：虽然保险公司可能会推荐或指定某些鉴定机构，但这并不意味着只有这些机构出具的鉴定报告才有效。只要您选择的鉴定机构具有合法的资质和专业的技术能力，其出具的鉴定报告就应当被认可。因此，如果保险公司以“非指定机构”为由拒绝赔偿鉴定费，这是不合理的。
自费情形说明：当然，也存在一些特殊情况，如酒驾、无证驾驶等法定免责事由。在这些情况下，保险公司可以拒绝赔偿伤残鉴定费，相关费用需由侵权人自行承担。但您的描述中并未提及这些情况，因此我们可以排除这一可能性。
综上所述，如果保险公司以“非指定机构”为由拒绝赔偿伤残鉴定费，您可以先与保险公司进行沟通协商，明确告知其相关法律依据和实践处理方式。如果协商无果，您可以考虑向当地的保险监管部门投诉或寻求法律援助，通过法律途径来维护自己的合法权益。