宅基地转让协议在过户时，协议本身应由转让人和受让人双方各执一份，而宅基地使用权则过户给受让人。以下是对这一问题的详细解析：

一、宅基地转让协议的基本内容

宅基地转让协议是明确宅基地使用权在转让人与受让人之间转移的重要法律文件。协议中通常会包含以下关键内容：

1. 宅基地基本情况：明确宅基地的具体位置、面积及四至界限，以及宅基地的批准文号或土地使用权证编号。
2. 转让价格及支付方式：双方协商一致确定转让价格，并明确支付方式和时间节点。
3. 过户与交付：甲方（转让人）应在收到全部转让价款后协助乙方（受让人）办理宅基地使用权的过户手续。过户所需税费及其他费用应按法律规定各自承担。同时，明确宅基地的实际交付时间和条件。

二、过户时的协议归属

在宅基地使用权过户时，宅基地转让协议作为双方交易的法律凭证，其原件应由转让人和受让人双方各执一份。这样做有助于保障双方的权益，避免未来可能出现的纠纷。协议中明确规定了双方的权利和义务，包括宅基地的交付、转让价款的支付、过户手续的办理等，是双方履行义务和享有权利的依据。

三、宅基地使用权的过户

宅基地使用权的过户是宅基地转让协议的核心内容之一。在过户时，需要注意以下几点：

1. 过户条件：宅基地转让通常只能在本集体经济组织内部成员之间进行，且受让人必须符合宅基地使用权的申请条件。
2. 过户手续：双方应共同向当地土地管理部门申请办理宅基地使用权的过户手续，提交相关证明材料，如宅基地转让协议、身份证明、宅基地使用权证等。
3. 过户税费：过户过程中可能涉及税费和其他费用，双方应按法律规定各自承担。

四、法律建议

1. 签订协议前：在签订宅基地转让协议前，务必进行充分的调查和了解，确保宅基地的合法性、权属清晰且无争议。同时，确认双方均具备相应的主体资格，否则协议可能被认定无效。
2. 协议内容：协议内容应详尽、准确，明确双方的权利和义务，特别是关于过户手续、税费承担、违约责任等关键条款。
3. 法律咨询：如有必要，可寻求专业律师的帮助和指导，以确保协议的签订和履行符合当地法律法规的要求。

五、可能的风险与后果

1. 协议无效：如果宅基地转让协议违反法律法规或双方主体资格不符，协议可能被认定无效，导致双方权益受损。
2. 过户失败：如果过户手续办理不顺利或存在障碍，可能导致宅基地使用权无法顺利过户给受让人，影响双方交易目的的实现。
3. 纠纷风险：如果协议内容不明确或存在歧义，未来可能出现纠纷和争议，给双方带来不必要的麻烦和损失。

综上所述，宅基地转让协议在过户时，协议本身应由双方各执一份，而宅基地使用权则过户给受让人。为确保交易的顺利进行和双方合法权益的保护，建议双方在签订协议前进行充分的调查和了解，并寻求专业律师的帮助和指导。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。