关于您提出的“自己的三方协议可以自己是法人的公司盖章吗”这一问题，这主要取决于您公司的主体资格、协议的性质和要求，以及印章的合法性和有效性。以下是对这一问题的详细分析：
一、公司主体资格
具有主体资格：
- 如果您的公司是依法登记注册，具有经营资格和相应民事责任能力的市场主体（即法人资格），且三方协议的内容与公司的经营范围和业务活动相关，公司有能力履行协议义务，那么公司作为一方主体在协议上盖章是有效的。
不具有主体资格的情况需避免：
- 确保协议涉及的事项不超出公司的经营范围或民事行为能力范围。例如，如果协议涉及金融、医疗、建筑等需要特定资质或专业能力的领域，而您的公司不具备相应资质，则协议可能无效。
二、协议的性质和要求
符合性质和要求：
- 如果三方协议本身对签订主体没有特殊限制，仅用于明确三方之间的一般民事合作关系、经济往来等，且公司盖章行为是其真实意思表示，那么协议是有效的。
不符合性质和要求的情况需谨慎：
- 如果协议基于特定身份或行业规范要求签订，而您的公司不具备该身份或不符合要求，那么公司盖章的协议可能无效。例如，某些政府项目合作协议可能要求参与方必须具有特定的法人资格或行业资质。
三、印章的合法性和有效性
印章合法有效：
- 您的公司应拥有合法刻制的公章或合同专用章，并在工商行政管理部门进行了备案登记。在三方协议上加盖的是经过合法备案、登记的印章，且盖章行为真实，那么协议是有效的。
印章不合法或无效的情况需警惕：
- 确保使用的印章不是伪造的、未经备案登记的。同时，盖章行为应是在自愿、真实的情况下进行的，避免受到欺诈、胁迫等非法情形的影响。
总结与建议：
- 在签署三方协议前，请仔细审查协议条款，明确各方的权利和义务，以及协议对签署方的具体要求。
- 核实您公司的主体资格、经营范围和印章的合法性。
- 如果协议涉及特定领域或要求，建议咨询专业的法律人士，以确保协议的合法性和有效性。
- 确保盖章行为是在自愿、真实的情况下进行的，避免任何非法情形的干扰。
综上所述，如果您的公司具备法人资格、协议内容符合公司经营范围和业务活动、且印章合法有效，那么您作为法人的公司可以在三方协议上盖章。如有任何疑问或不确定之处，建议咨询专业的法律人士以获取更准确的指导。